PCR | Amplified region | Primer name | Primer sequence | Amplicon (bp) | Tan [°C] | Pcon [μM] |
---|---|---|---|---|---|---|
#1 | 13,166–13,829 | RdRp1F | 5′- CACACTGGTACTGGTCAGGC - 3’ | 664 | 59 | 0.3 |
RdRp1R | 5′- GCATAGACGAGGTCTGCCAT - 3’ | |||||
#2 | 13,712–14,328 | RdRp2F | 5′- AGGATTGTCCAGCTGTTGCT - 3’ | 617 | 57 | 0.5 |
RdRp2R | 5′- TGGGTGGTATGTCTGATCCC - 3’ | |||||
#3 | 14,258–14,787 | RdRp3F | 5′- ATGACTTCACGGAAGAGAGGT - 3’ | 530 | 58 | 0.5 |
RdRp3R | 5′- AGCAGCATTACCATCCTGAGC - 3’ | |||||
#4 | 14,700–15,546 | RdRp4F | 5′- TGACTTTGCTGTGTCTAAGGGT - 3’ | 846 | 54 | 0.5 |
RdRp4R | 5′- GCCGTGACAGCTTGACAAAT - 3’ |