Primer | Nucleotide sequence(5′-3′) | Target gene | Amplicon size(bp) | SCCmec type | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
I | II | III | IV | IVa | IVb | IVc | IVd | V | ||||
β | ATTGCCTTGATAATAGCCYTCT | ccrA2-B | 937 |  | X |  | X |  |  |  |  |  |
a3 | TAAAGGCATCAATGCACAAACACT | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
ccrCF | CGTCTATTACAAGATGTTAAGGATAAT | ccrC | 518 | Â | Â | X | Â | Â | Â | Â | Â | X |
ccrCR | CCTTTATAGACTGGATTATTCAAAATAT | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
1272F1 | GCCACTCATAACATATGGAA | IS1272 | 415 | X | Â | Â | X | Â | Â | Â | Â | Â |
1272R1 | CATCCGAGTGAAACCCAAA | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
5RmecA | TATACCAAACCCGACAACTAC | mecA–IS431 | 359 |  |  |  |  |  |  |  |  | X |
5R431 | CGGCTACAGTGATAACATCC | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
Type IVa-F | GCCTTATTCGAAGAAACCG | – | 776 |  |  |  |  | X |  |  |  |  |
Type IVa-R | CTACTCTTCTGAAAAGCGTCG | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
Type IVb-F | TCTGGAATTACTTCAGCTGC | – | 493 |  |  |  |  |  | X |  |  |  |
Type IVb-R | AAACAATATTGCTCTCCCTC | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
Type IVc-F | ACAATATTTGTATTATCGGAGAGC | – | 200 |  |  |  |  |  |  | X |  |  |
Type IVc-R | TTGGTATGAGGTATTGCTGG | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
Type IVd-F | CTCAAAATACGGACCCCAATACA | – | 881 |  |  |  |  |  |  |  | X |  |
Type IVd-R | TGCTCCAGTAATTGCTAAAG | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
Spa-1113f | TAAAGACGATCCTTCGGTGAGC | spa | – |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
Spa-1514r | CAGCAGTAGTGCCGTTTGCTT | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
arcC-F | TTGATTCACCAGCGCGTATTGTC | arcC | 456 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
arcC-R | AGG TATCTGCTTCAATCAGCG | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
aroE-F | ATCGGAAATCCTATTTCACATTC | aroE | 456 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
aroE-R | GGTGTTGTATTAATAACGATATC | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
glpF-F | CTAGGAACTGCAATCTTAATCC | glpF | 465 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
glpF-R | TGGTAAAATCGCATGTCCAATTC | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
gmk-F | ATCGTTTTATCGGGACCATC | gmk | 417 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
gmk-R | TCATTAACTACAACGTAATCGTA | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
pta-F | GTTAAAATCGTATTACCTGAAGG | pta | 474 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
pta-R | GACCCTTTTGTTGAAAAGCTTAA | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
tpi-F | TCGTTCATTCTGAACGTCGTGAA | tpi | 402 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
tpi-R | TTTGCACCTTCTAACAATTGTAC | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
yqiL-F | CAGCATACAGGACACCTATTGGC | yqiL | 516 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
yqiL-R | CGTTGAGGAATCGATACTGGAAC | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
PVL-F | ATCATTAGGTAAAATGTCTGGACATGATCCA | pvl | 433 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
PVL-R | GCATCAASTGTATTGGATAGCAAAAGC | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
FnbA-F | GTGAAGTTTTAGAAGGTGGAAAGATTAG | fnbA | 643 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
FnbA-R | GCTCTTGTAAGACCATTTTTCTTCAC | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
FnbB-F | GTAACAGCTAATGGTCGAATTGATACT | fnbB | 524 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
FnbB-R | CAAGTTCGATAGGAGTACTATGTTC | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
Hla-F | CTGATTACTATCCAAGAAATTCGATTG | hla | 209 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
Hla-R | CTTTCCAGCCTACTTTTTTATCAGT | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
Hlb-F | GTGCACTTACTGACAATAGTGC | hlb | 309 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
Hlb-R | GTTGATGAGTAGCTACCTTCAGT | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
Sea-F | GAAAAAAGTCTGAATTGCAGGGAACA | sea | 560 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
Sea-R | CAAATAAATCGTAATTAACCGAAGGTTC | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
Seb-F | ATTCTATTAAGGACACTAAGTTAGGGA | seb | 404 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
Seb-R | ATCCCGTTTCATAAGGCGAGT | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
Sec-F | GTAAAGTTACAGGTGGCAAAACTTG | sec | 297 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
Sec-R | CATATCATACCAAAAAGTATTGCCGT | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
eta-F | CGCTGCGGACATTCCTACATGG | eta | 676 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
eta-R | TACATGCCCGCCACTTGCTTGT | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
etb-F | CAGATAAAGAGCTTTATACACACATTAC | etb | 612 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
etb-R | AGTGAACTTATCTTTCTATTGAAAAACACTC | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
clfA-F | ATTGGCGTGGCTTCAGTGCT | clfa | 292 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
clfA-R | CGTTTCTTCCGTAGTTGCATTTG | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
ermA-F | GTTCAAGAAC AATCAATACA GAG | ermA | 421 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
ermA-R | GGATCAGGAA AAGGACATTT TAC | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
ermB-F | CCGTTTACGA AATTGGAACA GGTAAAGGGC | ermB | 359 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
ermB-R | GAATCGAGAC TTGAGTGTGC | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
ermC-F | GCTAATATTG TTTAAATCGT CAATTCC | ermC | 572 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
ermC-R | GGATCAGGAA AAGGACATTT TAC | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
tetM-F | AGTGGAGCGATTACAGAA | tetM | 158 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
tetM-R | CATATGTCCTGGCGTGTCTA | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
tetK-F | GTAGCGACAATAGGTAATAGT | tetK | 360 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
tetK-R | GTAGTGACAATAAACCTCCTA | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
tetL-F | ATAAATTGTTTCGGGTCGGTAAT | tetL | 1077 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
tetL-R | AACCAGCCAACTAATGACAATGAT | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
tetO-F | AACTTAGGCATTCTGGCTCAC | tetO | 514 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
tetO-R | TCCCACTGTTCCATATCGTCA | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |