Skip to main content

Table 2 MIRU-24 loci VNTR profiles of the 144 Mycobacterium tuberculosis case isolates

From: A complex scenario of tuberculosis transmission is revealed through genetic and epidemiological surveys in Porto

Nr

Laboratory sample ID

Sample (n)

Cluster in analysis

M. tuberculosis global sub-lineage

MIRU-VNTR Loci

0154,0424,0577,0580,0802,0960,1644, 1955, 2059,2165,2347,2401,2461,2531, 2687,2996,3007,3171,3192,3690,4052, 4156,4348,2163b

1

1G9

1

Unique

EAI

2,2,2,5,3,4,3,11,2,9,3,2,4,6,2,2,3,3,5,7,3,1,1,2

2

3F6

1

Unique

EAI

2,2,4,5,3,4,3,9,1,6,3,2,4,6,2,2,3,1,5,2,5,1,1,9

3

2G3

1

XXVII

ND

2,2,4,2,3,3,3,2,2,3,4,2,2,6,1,5,3,3,3,3,5,2,2,2

4

3D6

1

XXVII

ND

2,1,4,2,3,3,3,1,2,3,4,2,2,6,1,5,3,3,3,3,5,2,2,3

5

3A1

1

Unique

ND

2,2,4,2,1,3,3,2,2,4,4,2,2,5,1,5,3,3,3,3,6,1,2,3

6

3B6

1

Unique

ND

2,2,4,2,4,3,2,2,2,3,4,2,2,6,1,5,3,3,3,3,5,2,2,3

7

3H4

1

Unique

ND

2,2,4,2,4,3,1,2,2,3,4,2,2,5,1,5,3,3,3,7,5,2,2,4

8

3D3

1

Unique

ND

2,2,6,2,2,3,4,2,2,2,4,2,2,5,1,5,3,3,3,3,5,2,2,3

9

2G8, 3E2

2

XXII

LAM

2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,3,3,2,8,2,2,4

10

1B2, 2B7, 2F5, 2G9

4

XXIII

LAM

2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,5,3,2,8,2,2,3

11

1E4

1

XXIII

LAM

2,4,3,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,5,3,2,8,2,2,3

12

2H2, 2H6, 3C1, 3C6, 3F3, 3G4

6

XXIII

LAM

2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,5,3,2,8,2,2,4

13

1I8

1

XXIII

LAM

2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,5,3,2,9,2,2,4

14

2C1

1

Unique

LAM

2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,5,3,2,8,0,2,4

15

3E1

1

XXIV

LAM

2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,5,3,2,5,2,2,4

16

2E2

1

XXIV

LAM

2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,5,3,2,4,2,2,4

17

2E5

1

Unique

LAM

2,4,4,2,1,3,1,3,2,2,4,1,1,6,1,5,3,5,3,2,5,2,2,3

18

3D5

1

Unique

LAM

2,4,4,2,1,3,1,3,2,2,4,1,1,6,1,4,2,5,3,2,6,2,2,4

19

1A9, 3G2

2

XXVI

LAM

2,4,5,2,1,3,1,3,2,2,4,1,1,4,1,3,2,5,3,2,3,2,2,2

20

2C9

1

Unique

LAM

2,4,4,2,1,2,1,3,2,2,4,1,1,4,1,4,2,5,3,2,7,2,2,4

21

3F9

1

Unique

LAM

2,4,4,2,1,3,1,3,2,2,4,1,1,6,1,4,2,6,3,2,8,2,2,2

22

2G6, 3F2

2

XXV

LAM

2,4,4,2,1,4,1,3,2,2,4,1,1,6,1,5,2,5,3,2,12,2,2,4

23

3G9

1

XXV

LAM

2,4,4,2,1,3,1,3,2,2,4,1,1,6,1,5,2,6,3,2,12,2,2,3

24

2B9

1

Unique

LAM

2,4,4,2,1,4,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,4,3,2,5,2,2,4

25

3D8

1

Unique

LAM

2,5,4,4,1,4,2,3,2,2,4,1,1,7,1,5,3,5,3,2,7,2,2,3

26

2E9, 2I8

2

XXI

LAM

2,5,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,2,7,1,6,3,3,3,2,7,2,2,2

27

3C7

1

Unique

LAM

2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,5,1,2,6,1,2,3,3,3,2,7,2,2,2

28

3E8

1

Unique

LAM

3,3,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,2,6,1,2,3,3,2,2,5,2,2,4

29

2D1

1

XX

LAM

2,2,4,2,1,3,2,3,2,2,5,1,2,6,1,5,3,3,3,2,4,2,2,2

30

1A3, 2D4, 2D9, 2F2, 3D4, 3G6

6

XX

LAM

2,1,4,2,1,3,2,3,2,2,5,1,2,6,1,5,3,3,3,2,4,2,2,2

31

1D7, 1G3, 2H9, 3C4, 3H5

5

XX

LAM

2,1,4,2,1,3,2,3,2,2,5,1,2,6,1,4,3,3,3,2,4,2,2,2

32

3E9

1

Unique

LAM

2,4,4,2,1,3,2,3,1,2,5,1,2,6,1,7,3,3,3,2,4,2,2,2

33

3B4

1

XIX

LAM

1,3,6,2,4,4,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,2,2,8,2,2,2

34

1I5, 2E8, 2I5, 2I7, 3C8, 3D9

6

XIX

LAM

1,3,6,2,4,4,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,2,2,6,2,2,2

35

1I1

1

Unique

LAM

1,3,6,3,4,4,2,3,2,2,4,1,2,6,1,4,3,3,2,2,7,2,2,2

36

1E8, 1G1

2

XVIII

LAM

1,3,4,2,5,2,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,2,2,8,2,2,2

37

1A8

1

XVIII

LAM

1,3,4,2,5,2,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,2,2,7,2,2,3

38

1I7

1

XVIII

LAM

1,3,4,2,5,2,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,2,2,6,2,2,2

39

3F1

1

XVII

LAM

1,3,4,2,6,4,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,2,2,6,2,2,2

40

3D2

1

XVII

LAM

1,4,4,2,5,4,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,2,2,7,2,2,2

41

2C4

1

Unique

LAM

1,3,4,2,4,7,3,3,2,2,4,1,2,6,1,4,3,3,2,2,7,2,2,2

42

3A5

1

Unique

LAM

1,3,3,2,4,4,3,3,2,2,4,1,2,7,1,5,3,3,2,2,7,2,2,2

43

3A9, 3C9, 3G7

3

XVI

LAM

1,3,3,2,2,4,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,3,1,7,3,2,2

44

1A5

1

XVI

LAM

1,3,3,1,2,4,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,3,1,7,3,2,2

45

3H3

1

XV

LAM

2,5,4,2,6,4,3,1,1,2,4,1,2,6,1,4,3,3,2,2,6,2,2,2

46

2F4, 3H7

2

XV

LAM

2,4,4,2,8,4,3,1,1,2,4,1,2,6,1,4,3,3,2,2,6,2,2,2

47

1G2

1

Unique

LAM

2,3,4,2,3,4,3,3,2,2,4,2,2,6,1,5,4,1,3,1,7,2,2,3

48

2E1

1

Unique

LAM

2,3,4,2,3,4,3,2,2,2,4,2,2,6,1,3,3,1,3,1,7,2,2,4

49

2H8

1

Unique

LAM

2,3,4,2,4,4,3,3,2,2,4,2,2,6,1,5,3,1,3,1,5,2,2,3

50

3H1

1

Unique

LAM

2,2,4,2,3,3,3,3,2,2,4,2,2,6,1,6,3,1,3,1,7,2,2,2

51

1H3, 2B2

2

XI

LAM

2,3,4,2,3,4,3,3,2,2,4,2,2,6,1,5,3,1,3,1,11,2,2,2

52

3G5

1

XIV

LAM

2,3,2,2,3,4,3,3,2,2,4,2,2,6,1,5,3,1,3,1,3,2,2,4

53

1B3, 1E6, 2I3

3

XIV

LAM

2,3,2,2,3,4,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,1,3,1,4,2,2,3

54

3E3

1

XIII

LAM

2,4,2,2,3,4,2,3,2,2,3,2,2,6,1,5,3,1,3,1,9,2,2,4

55

1E1, 2B1, 2B4, 3B9, 3H2

5

XIII

LAM

2,4,2,2,3,4,2,3,2,2,3,2,2,6,1,5,3,1,3,1,10,2,2,4

56

1A1, 1B8, 2F7, 3B2

4

XII

LAM

2,3,2,2,3,4,3,3,2,2,4,2,2,6,1,5,3,1,3,1,8,2,2,2

57

3E5

1

Unique

Beijing

2,4,5,2,3,3,3,5,2,4,4,4,2,5,1,5,3,3,5,3,8,2,3,6

58

1B1

1

I

Beijing

2,4,4,2,3,3,3,5,2,4,4,4,2,5,1,7,3,3,5,3,8,2,3,6

59

1E9

1

I

Beijing

2,4,4,2,3,3,3,5,2,4,4,4,2,5,1,7,3,3,4,3,9,2,3,6

60

1F5

1

Unique

Haarlem

2,2,3,2,3,5,3,3,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,3,2,3,3,2,5

61

2B5, 2F8

2

II

Haarlem

2,2,3,2,1,2,3,3,2,3,4,4,2,5,1,4,3,3,2,2,6,3,2,2

62

2G7, 3B7

2

IV

Haarlem

2,2,3,2,4,5,3,3,2,3,2,3,2,3,1,5,3,3,3,3,7,3,2,3

63

1C3, 1C4, 1C6, 1F8, 2F9

5

III

Haarlem

2,2,3,2,3,5,3,3,1,3,2,4,2,3,1,5,3,3,2,3,7,3,2,5

64

3E4

1

Unique

Haarlem

2,2,3,2,3,5,3,2,1,3,2,4,2,3,1,5,3,3,3,3,5,2,2,2

65

3F7

1

VI

Haarlem

2,2,3,2,3,5,2,3,2,3,2,4,2,3,1,5,3,3,3,3,7,2,2,5

66

2I1

1

VI

Haarlem

2,2,3,2,4,5,2,3,2,3,2,4,2,3,1,5,3,3,3,3,7,2,2,5

67

3B5

1

V

Haarlem

2,4,3,2,4,4,3,3,1,3,4,4,2,4,1,5,3,3,3,4,3,3,2,2

68

2D2

1

V

Haarlem

2,4,3,2,4,4,2,3,1,3,4,4,2,4,1,5,3,3,3,3,3,3,2,2

69

1B6, 1C2, 2B3, 2C5, 2D6, 2F1, 2G2, 2G5, 3C3, 3E7, 3F5, 3G3

12

VII

Haarlem

2,2,3,2,4,4,3,2,2,3,4,4,2,4,1,5,3,3,3,3,3,3,2,2

70

1F6

1

Unique

Haarlem

2,2,3,2,3,5,3,2,2,3,4,4,2,5,1,5,4,3,3,3,5,3,2,9

71

2D7

1

Unique

Haarlem

2,3,2,2,3,5,3,2,2,3,4,4,2,5,1,5,4,3,3,3,6,3,2,4

72

3D1

1

IX

X

2,2,3,1,5,4,3,4,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,3,3,9,1,2,3

73

1F2, 2B8, 2E6

3

IX

X

2,2,3,1,5,4,3,4,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,3,3,9,1,2,4

74

3F8

1

Unique

X

2,1,4,2,3,4,2,4,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,2,7,9,3,2,4

75

1G4

1

VIII

X

2,1,4,2,3,4,3,4,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,3,6,9,3,2,4

76

1I4, 2A1, 2H5

3

VIII

X

2,1,4,2,3,4,3,4,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,3,6,9,3,2,3

77

3C5

1

Unique

X

2,1,4,2,3,4,3,4,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,3,7,8,3,2,3

78

2A4

1

Unique

X

2,1,4,2,3,4,3,4,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,3,6,6,3,2,4

79

3F4

1

Unique

X

2,2,3,2,3,9,2,6,2,3,4,4,2,5,1,6,3,2,4,4,7,3,2,2

80

3E6

1

Unique

X

2,2,3,2,3,4,3,4,2,3,4,4,2,5,1,4,3,3,3,3,8,3,2,5

81

3G1

1

Unique

ND

2,10,2,2,2,3,2,4,2,3,4,2,2,5,1,6,3,3,5,3,7,4,3,2

82

2H1, 3G8

2

X

ND

2,3,3,1,3,4,3,1,2,3,4,2,2,5,1,5,3,3,3,4,9,2,2,4

  1. The table indicates the laboratory sample code, the cluster they are contained for the phylogenetic analysis and the classification from the global M. tuberculosis lineages. ND refers to non-determined M. tuberculosis sub-lineages
Back to article page

BMC Infectious Diseases

ISSN: 1471-2334

Contact us