Skip to main content

Table 2 MIRU-24 loci VNTR profiles of the 144 Mycobacterium tuberculosis case isolates

From: A complex scenario of tuberculosis transmission is revealed through genetic and epidemiological surveys in Porto

Nr Laboratory sample ID Sample (n) Cluster in analysis M. tuberculosis global sub-lineage MIRU-VNTR Loci
0154,0424,0577,0580,0802,0960,1644, 1955, 2059,2165,2347,2401,2461,2531, 2687,2996,3007,3171,3192,3690,4052, 4156,4348,2163b
1 1G9 1 Unique EAI 2,2,2,5,3,4,3,11,2,9,3,2,4,6,2,2,3,3,5,7,3,1,1,2
2 3F6 1 Unique EAI 2,2,4,5,3,4,3,9,1,6,3,2,4,6,2,2,3,1,5,2,5,1,1,9
3 2G3 1 XXVII ND 2,2,4,2,3,3,3,2,2,3,4,2,2,6,1,5,3,3,3,3,5,2,2,2
4 3D6 1 XXVII ND 2,1,4,2,3,3,3,1,2,3,4,2,2,6,1,5,3,3,3,3,5,2,2,3
5 3A1 1 Unique ND 2,2,4,2,1,3,3,2,2,4,4,2,2,5,1,5,3,3,3,3,6,1,2,3
6 3B6 1 Unique ND 2,2,4,2,4,3,2,2,2,3,4,2,2,6,1,5,3,3,3,3,5,2,2,3
7 3H4 1 Unique ND 2,2,4,2,4,3,1,2,2,3,4,2,2,5,1,5,3,3,3,7,5,2,2,4
8 3D3 1 Unique ND 2,2,6,2,2,3,4,2,2,2,4,2,2,5,1,5,3,3,3,3,5,2,2,3
9 2G8, 3E2 2 XXII LAM 2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,3,3,2,8,2,2,4
10 1B2, 2B7, 2F5, 2G9 4 XXIII LAM 2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,5,3,2,8,2,2,3
11 1E4 1 XXIII LAM 2,4,3,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,5,3,2,8,2,2,3
12 2H2, 2H6, 3C1, 3C6, 3F3, 3G4 6 XXIII LAM 2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,5,3,2,8,2,2,4
13 1I8 1 XXIII LAM 2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,5,3,2,9,2,2,4
14 2C1 1 Unique LAM 2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,5,3,2,8,0,2,4
15 3E1 1 XXIV LAM 2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,5,3,2,5,2,2,4
16 2E2 1 XXIV LAM 2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,5,3,2,4,2,2,4
17 2E5 1 Unique LAM 2,4,4,2,1,3,1,3,2,2,4,1,1,6,1,5,3,5,3,2,5,2,2,3
18 3D5 1 Unique LAM 2,4,4,2,1,3,1,3,2,2,4,1,1,6,1,4,2,5,3,2,6,2,2,4
19 1A9, 3G2 2 XXVI LAM 2,4,5,2,1,3,1,3,2,2,4,1,1,4,1,3,2,5,3,2,3,2,2,2
20 2C9 1 Unique LAM 2,4,4,2,1,2,1,3,2,2,4,1,1,4,1,4,2,5,3,2,7,2,2,4
21 3F9 1 Unique LAM 2,4,4,2,1,3,1,3,2,2,4,1,1,6,1,4,2,6,3,2,8,2,2,2
22 2G6, 3F2 2 XXV LAM 2,4,4,2,1,4,1,3,2,2,4,1,1,6,1,5,2,5,3,2,12,2,2,4
23 3G9 1 XXV LAM 2,4,4,2,1,3,1,3,2,2,4,1,1,6,1,5,2,6,3,2,12,2,2,3
24 2B9 1 Unique LAM 2,4,4,2,1,4,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,4,3,2,5,2,2,4
25 3D8 1 Unique LAM 2,5,4,4,1,4,2,3,2,2,4,1,1,7,1,5,3,5,3,2,7,2,2,3
26 2E9, 2I8 2 XXI LAM 2,5,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,2,7,1,6,3,3,3,2,7,2,2,2
27 3C7 1 Unique LAM 2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,5,1,2,6,1,2,3,3,3,2,7,2,2,2
28 3E8 1 Unique LAM 3,3,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,2,6,1,2,3,3,2,2,5,2,2,4
29 2D1 1 XX LAM 2,2,4,2,1,3,2,3,2,2,5,1,2,6,1,5,3,3,3,2,4,2,2,2
30 1A3, 2D4, 2D9, 2F2, 3D4, 3G6 6 XX LAM 2,1,4,2,1,3,2,3,2,2,5,1,2,6,1,5,3,3,3,2,4,2,2,2
31 1D7, 1G3, 2H9, 3C4, 3H5 5 XX LAM 2,1,4,2,1,3,2,3,2,2,5,1,2,6,1,4,3,3,3,2,4,2,2,2
32 3E9 1 Unique LAM 2,4,4,2,1,3,2,3,1,2,5,1,2,6,1,7,3,3,3,2,4,2,2,2
33 3B4 1 XIX LAM 1,3,6,2,4,4,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,2,2,8,2,2,2
34 1I5, 2E8, 2I5, 2I7, 3C8, 3D9 6 XIX LAM 1,3,6,2,4,4,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,2,2,6,2,2,2
35 1I1 1 Unique LAM 1,3,6,3,4,4,2,3,2,2,4,1,2,6,1,4,3,3,2,2,7,2,2,2
36 1E8, 1G1 2 XVIII LAM 1,3,4,2,5,2,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,2,2,8,2,2,2
37 1A8 1 XVIII LAM 1,3,4,2,5,2,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,2,2,7,2,2,3
38 1I7 1 XVIII LAM 1,3,4,2,5,2,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,2,2,6,2,2,2
39 3F1 1 XVII LAM 1,3,4,2,6,4,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,2,2,6,2,2,2
40 3D2 1 XVII LAM 1,4,4,2,5,4,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,2,2,7,2,2,2
41 2C4 1 Unique LAM 1,3,4,2,4,7,3,3,2,2,4,1,2,6,1,4,3,3,2,2,7,2,2,2
42 3A5 1 Unique LAM 1,3,3,2,4,4,3,3,2,2,4,1,2,7,1,5,3,3,2,2,7,2,2,2
43 3A9, 3C9, 3G7 3 XVI LAM 1,3,3,2,2,4,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,3,1,7,3,2,2
44 1A5 1 XVI LAM 1,3,3,1,2,4,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,3,1,7,3,2,2
45 3H3 1 XV LAM 2,5,4,2,6,4,3,1,1,2,4,1,2,6,1,4,3,3,2,2,6,2,2,2
46 2F4, 3H7 2 XV LAM 2,4,4,2,8,4,3,1,1,2,4,1,2,6,1,4,3,3,2,2,6,2,2,2
47 1G2 1 Unique LAM 2,3,4,2,3,4,3,3,2,2,4,2,2,6,1,5,4,1,3,1,7,2,2,3
48 2E1 1 Unique LAM 2,3,4,2,3,4,3,2,2,2,4,2,2,6,1,3,3,1,3,1,7,2,2,4
49 2H8 1 Unique LAM 2,3,4,2,4,4,3,3,2,2,4,2,2,6,1,5,3,1,3,1,5,2,2,3
50 3H1 1 Unique LAM 2,2,4,2,3,3,3,3,2,2,4,2,2,6,1,6,3,1,3,1,7,2,2,2
51 1H3, 2B2 2 XI LAM 2,3,4,2,3,4,3,3,2,2,4,2,2,6,1,5,3,1,3,1,11,2,2,2
52 3G5 1 XIV LAM 2,3,2,2,3,4,3,3,2,2,4,2,2,6,1,5,3,1,3,1,3,2,2,4
53 1B3, 1E6, 2I3 3 XIV LAM 2,3,2,2,3,4,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,1,3,1,4,2,2,3
54 3E3 1 XIII LAM 2,4,2,2,3,4,2,3,2,2,3,2,2,6,1,5,3,1,3,1,9,2,2,4
55 1E1, 2B1, 2B4, 3B9, 3H2 5 XIII LAM 2,4,2,2,3,4,2,3,2,2,3,2,2,6,1,5,3,1,3,1,10,2,2,4
56 1A1, 1B8, 2F7, 3B2 4 XII LAM 2,3,2,2,3,4,3,3,2,2,4,2,2,6,1,5,3,1,3,1,8,2,2,2
57 3E5 1 Unique Beijing 2,4,5,2,3,3,3,5,2,4,4,4,2,5,1,5,3,3,5,3,8,2,3,6
58 1B1 1 I Beijing 2,4,4,2,3,3,3,5,2,4,4,4,2,5,1,7,3,3,5,3,8,2,3,6
59 1E9 1 I Beijing 2,4,4,2,3,3,3,5,2,4,4,4,2,5,1,7,3,3,4,3,9,2,3,6
60 1F5 1 Unique Haarlem 2,2,3,2,3,5,3,3,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,3,2,3,3,2,5
61 2B5, 2F8 2 II Haarlem 2,2,3,2,1,2,3,3,2,3,4,4,2,5,1,4,3,3,2,2,6,3,2,2
62 2G7, 3B7 2 IV Haarlem 2,2,3,2,4,5,3,3,2,3,2,3,2,3,1,5,3,3,3,3,7,3,2,3
63 1C3, 1C4, 1C6, 1F8, 2F9 5 III Haarlem 2,2,3,2,3,5,3,3,1,3,2,4,2,3,1,5,3,3,2,3,7,3,2,5
64 3E4 1 Unique Haarlem 2,2,3,2,3,5,3,2,1,3,2,4,2,3,1,5,3,3,3,3,5,2,2,2
65 3F7 1 VI Haarlem 2,2,3,2,3,5,2,3,2,3,2,4,2,3,1,5,3,3,3,3,7,2,2,5
66 2I1 1 VI Haarlem 2,2,3,2,4,5,2,3,2,3,2,4,2,3,1,5,3,3,3,3,7,2,2,5
67 3B5 1 V Haarlem 2,4,3,2,4,4,3,3,1,3,4,4,2,4,1,5,3,3,3,4,3,3,2,2
68 2D2 1 V Haarlem 2,4,3,2,4,4,2,3,1,3,4,4,2,4,1,5,3,3,3,3,3,3,2,2
69 1B6, 1C2, 2B3, 2C5, 2D6, 2F1, 2G2, 2G5, 3C3, 3E7, 3F5, 3G3 12 VII Haarlem 2,2,3,2,4,4,3,2,2,3,4,4,2,4,1,5,3,3,3,3,3,3,2,2
70 1F6 1 Unique Haarlem 2,2,3,2,3,5,3,2,2,3,4,4,2,5,1,5,4,3,3,3,5,3,2,9
71 2D7 1 Unique Haarlem 2,3,2,2,3,5,3,2,2,3,4,4,2,5,1,5,4,3,3,3,6,3,2,4
72 3D1 1 IX X 2,2,3,1,5,4,3,4,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,3,3,9,1,2,3
73 1F2, 2B8, 2E6 3 IX X 2,2,3,1,5,4,3,4,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,3,3,9,1,2,4
74 3F8 1 Unique X 2,1,4,2,3,4,2,4,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,2,7,9,3,2,4
75 1G4 1 VIII X 2,1,4,2,3,4,3,4,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,3,6,9,3,2,4
76 1I4, 2A1, 2H5 3 VIII X 2,1,4,2,3,4,3,4,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,3,6,9,3,2,3
77 3C5 1 Unique X 2,1,4,2,3,4,3,4,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,3,7,8,3,2,3
78 2A4 1 Unique X 2,1,4,2,3,4,3,4,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,3,6,6,3,2,4
79 3F4 1 Unique X 2,2,3,2,3,9,2,6,2,3,4,4,2,5,1,6,3,2,4,4,7,3,2,2
80 3E6 1 Unique X 2,2,3,2,3,4,3,4,2,3,4,4,2,5,1,4,3,3,3,3,8,3,2,5
81 3G1 1 Unique ND 2,10,2,2,2,3,2,4,2,3,4,2,2,5,1,6,3,3,5,3,7,4,3,2
82 2H1, 3G8 2 X ND 2,3,3,1,3,4,3,1,2,3,4,2,2,5,1,5,3,3,3,4,9,2,2,4
  1. The table indicates the laboratory sample code, the cluster they are contained for the phylogenetic analysis and the classification from the global M. tuberculosis lineages. ND refers to non-determined M. tuberculosis sub-lineages