Isolation, biochemical and molecular identification of Nocardia species among TB suspects in northeastern, Tanzania; a forgotten or neglected threat?

Table 2 Direct smear microscopy results and identification of different Nocardia isolates (N = 17) from TB suspects in Northern, Tanzania using Biomèrieux ID 32C Yeast identification System, 16S rRNA and hsp65 gene sequencing

Smear microscopy	API profile	Biomèrieux ID 32C yeast identification system	16S rRNA gene	Proximal cluster	hsp65 gene	Identity (%)
Sm + ve	37,735,522	Streptomyces cyanescens	N. farcinica	NA*	N.farcinica	99
Sm-ve	71,414,140	N. brasiliensis	N. cyriacigeorgica	TDQ659904	N. cyriacigeorgica	99
Sm-ve	20,004,004	N. nova	N. jinanensis	TDQ462650	N. testacea	100
Sm-ve	26,420,142	N. asteroides	N. farcinica	NA*	N.farcinica	99
Sm-ve	10,000,304	N. farcinica	N. flavorosea	TAY756552	N. flavorosea	99
Sm-ve	61,400,304	N. farcinica	N. farcinica	TAY756551	N. farcinica	99
Sm-ve	00000106	N. asteroides	N. cyriacigeorgica	TDQ659904	N. cyriacigeorgica	99
Sm-ve	00040100	N. asteroides	N. nova	TGQ376190	N. nova	100
Sm + ve	20,000,100	N. asteroides	N. carnea	TZ36929^b	N. sp./flavorosea	99
Sm + ve	00000104	N. asteroides	N. farcinica	NA*	N. farcinica	99
Sm-ve	31,014,100	N. brasiliensis	N. thailandica	TGQ376186	N. cyriacigeorgica	99
Sm-ve	31,414,100	N. brasiliensis	N. cyriacigeorgica	TDQ659904	N. cyriacigeorgica	99
Sm + ve	20,000,401	N. asteroides	N. testacea	TAY903612	N. testacea	99
Sm-ve	20,000,100	N. asteroides	N. testacea	TAY903612	N. testacea	100
Sm-ve	10,000,204	N. farcinica	N. brevicatena	TAY756545	N. brevicatena	99
Sm-ve	71,414,140	N. brasiliensis	N. flavorosea	TAY756552	N.flavorosea	99
Sm-ve	00040100	N. asteroides	N. cyriacigeorgica	TDQ659904	N. cyriacigeorgica	99

Sm + ve = smear positive; Sm-ve = smear negative, API profile = for the identification of different Nocardia species as per ID 32C Yeast identification system, NA* = No acceptable cluster, identification based on tree determination, TZ36929^b based on patristic distance

ISSN: 1471-2334