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Table 1 The most likely contact probabilities under the limited mixing between dormitories (w = 25 %)

From: Construction of the influenza A virus transmission tree in a college-based population: co-transmission and interactions between influenza A viruses

Infectee i Infector j p ij Infectee i Infector j p ij
1 (1) --   35 (1) 16 (0) 1.0
2 (0) 1 (1)* 1.0 36 (1) 19 (1) 1.0
3 (1) 1 (1) 1.0 37 (2) 2 (0) 0.001602
4 (1) 1 (1) 1.0 37 (2) 5 (0) 0.001602
5 (0) 1 (1)* 1.0 37 (2) 11 (2) 0.08588
6 (1) 2 (0) 1.0 37 (2) 12 (2) 0.08588
7 (1) 2 (0) 1.0 37 (2) 13 (2) 0.08588
8 (1) 4 (1) 1.0 37 (2) 14 (2) 0.08588
9 (1) 5 (0) 1.0 37 (2) 15 (0) 0.08588
10 (1) 5 (0) 1.0 37 (2) 16 (0) 0.08588
11 (2) 2 (0) 0.5 37 (2) 21 (0) 0.08588
11 (2) 5 (0) 0.5 37 (2) 23 (2) 0.08588
12 (2) 2 (0) 0.5 37 (2) 24 (2) 0.08588
12 (2) 5 (0) 0.5 37 (2) 25 (2) 0.074625
13 (2) 2 (0) 0.5 37 (2) 26 (2) 0.074625
13 (2) 5 (0) 0.5 37 (2) 27 (0) 0.074625
14 (2) 2 (0) 0.5 38 (1) 1 (1) 3.67E-11
14 (2) 5 (0) 0.5 38 (1) 2 (0) 2.53E-05
15 (0) 1 (1)* 1.0 38 (1) 3 (1) 2.53E-05
16 (0) 2 (0) 1.0 38 (1) 4 (1) 2.53E-05
17 (1) 3 (1) 1.0 38 (1) 5 (0) 2.53E-05
18 (1) 3 (1) 1.0 38 (1) 6 (1) 0.001691
19 (1) 4 (1) 1.0 38 (1) 7 (1) 0.001691
20 (1) 5 (0) 1.0 38 (1) 8 (1) 0.001691
21 (0) 5 (0) 1.0 38 (1) 9 (1) 0.001691
22 (1) 1 (1) 1.0 38 (1) 10 (1) 0.001691
23 (2) 2 (0) 0.5 38 (1) 15 (0) 0.024945
23 (2) 5 (0) 0.5 38 (1) 16 (0) 0.024945
24 (2) 2 (0) 0.5 38 (1) 17 (1) 0.024945
24 (2) 5 (0) 0.5 38 (1) 18 (1) 0.024945
25 (2) 2 (0) 0.011463 38 (1) 19 (1) 0.024945
25 (2) 5 (0) 0.011463 38 (1) 20 (1) 0.024945
25 (2) 11 (2) 0.144752 38 (1) 21 (0) 0.024945
25 (2) 12 (2) 0.144752 38 (1) 22 (1) 0.024945
25 (2) 13 (2) 0.144752 38 (1) 27 (0) 0.090627
25 (2) 14 (2) 0.144752 38 (1) 28 (1) 0.090627
25 (2) 15 (0) 0.036188 38 (1) 29 (1) 0.090627
25 (2) 16 (0) 0.036188 38 (1) 30 (1) 0.090627
25 (2) 21 (0) 0.036188 38 (1) 31 (1) 0.090627
25 (2) 23 (2) 0.144752 38 (1) 32 (1) 0.090627
25 (2) 24 (2) 0.144752 38 (1) 33 (1) 0.090627
26 (2) 2 (0) 0.011463 38 (1) 35 (1) 0.07875
26 (2) 5 (0) 0.011463 38 (1) 36 (1) 0.07875
26 (2) 11 (2) 0.144752 39 (2) 2 (0) 1.70E-10
26 (2) 12 (2) 0.144752 39 (2) 5 (0) 1.70E-10
26 (2) 13 (2) 0.144752 39 (2) 11 (2) 0.00047
26 (2) 14 (2) 0.144752 39 (2) 12 (2) 0.00047
26 (2) 15 (0) 0.036188 39 (2) 13 (2) 0.00047
26 (2) 16 (0) 0.036188 39 (2) 14 (2) 0.00047
26 (2) 21 (0) 0.036188 39 (2) 15 (0) 0.000118
26 (2) 23 (2) 0.144752 39 (2) 16 (0) 0.000118
26 (2) 24 (2) 0.144752 39 (2) 21 (0) 0.000118
27 (0) 15 (0) 1.0 39 (2) 23 (2) 0.00047
28 (1) 15 (0) 0.5 39 (2) 24 (2) 0.00047
28 (1) 16 (0) 0.5 39 (2) 25 (2) 0.031389
29 (1) 16 (0) 0.5 39 (2) 26 (2) 0.031389
29 (1) 16 (0) 0.5 39 (2) 27 (2) 0.007847
30 (1) 19 (1) 1.0 39 (2) 34 (2) 0.4631
31 (1) 19 (1) 0.5 39 (2) 37 (2) 0.4631
31 (1) 20 (1) 0.5 40 (2) 2 (0) 8.39E-15
32 (1) 21 (0) 1.0 40 (2) 5 (0) 8.39E-15
33 (1) 21 (0) 1.0 40 (2) 11 (2) 8.98E-07
34 (2) 2 (0) 0.000535 40 (2) 12 (2) 8.98E-07
34 (2) 5 (0) 0.000535 40 (2) 13 (2) 8.98E-07
34 (2) 11 (2) 0.114752 40 (2) 14 (2) 8.98E-07
34 (2) 12 (2) 0.114752 40 (2) 15 (0) 2.24E-07
34 (2) 13 (2) 0.114752 40 (2) 16 (0) 2.24E-07
34 (2) 14 (2) 0.114752 40 (2) 21 (0) 2.24E-07
34 (2) 15 (0) 0.028688 40 (2) 23 (2) 8.98E-07
34 (2) 16 (0) 0.028688 40 (2) 24 (2) 8.98E-07
34 (2) 21 (0) 0.028688 40 (2) 25 (2) 0.000308
34 (2) 23 (2) 0.114752 40 (2) 26 (2) 0.000308
34 (2) 24 (2) 0.114752 40 (2) 27 (0) 7.71E-05
34 (2) 25 (2) 0.099713 40 (2) 34 (2) 0.020572
34 (2) 26 (2) 0.099713 40 (2) 37 (2) 0.020572
34 (2) 27 (0) 0.024928 40 (2) 39 (2) 0.958157
  1. The numbers in the brackets are the type of infection: 0, 1, 2 representing co-infection, infection with pandemic A/H1N1 virus alone and infection with seasonal A/H3N2 virus alone, respectively. The three effective contacts from the index pandemic A/H1N1 to co-infection that are marked with asterisk are as given by Liu et al. [12]. The maximum likelihood estimates of Weibull distribution parameters for the generation time are scale =1.93 and shape = 2.49