Skip to main content

Table 3 PCR primers and amplification conditions

From: Merozoite surface protein-1 genetic diversity in Plasmodium malariae and Plasmodium brasilianum from Brazil

Region

PCR primers

Amplification conditions

Amplicon sizea

Fragment 1

First Reaction

F:5′-GCA TCT AAA TGG CTA CTG TGA TAT AC-3′

94 °C 5 min (1×); 94 °C 1 min, 53 °C 2 min, 72 °C 2 min (25×); 72 °C 5 min (1×)

595 bp

 

R:5′-GGC ATC TGT AAA TAG ACC ATC C-3′

Nested Reaction

F:5′-TAA TGA AAA GGA ATT AGA AAT G-3′

94 °C 5 min (1×); 94 °C 1 min, 43 °C 2 min, 72 °C 2 min (30×); 72 °C 5 min (1×)

533 bp

 

R:5′-CCA TAT TGA ATA CTA TAT TTT TC-3′

Fragment 2

First Reaction

F: 5′-CCA TAC TAT TTA ATT GCA CTA AAG-3′

94 °C 5 min (1×); 94 °C 1 min, 58 °C 2 min, 72 °C 2 min (25×); 72 °C 5 min (1×)

723 bp

 

R:5′-ACA CAC ATA AGC AGT TTT CAA AAA G-3′

Nested Reaction

F:5′-AGG GAA ATT GAT AAA TTA AAT ATT TC-3′

94 °C 5 min (1×); 94 °C 1 min, 58 °C 2 min, 72 °C 2 min (30×); 72 °C 5 min (1×)

666 bp

 

R:5′-CTT TTC AAG ATA TTG CAA TTT GGA-3′

Fragment 3

First Reaction

F:5′-GCA ATG TTC TAC AAA ATC AGT ACA AAG-3′

94 °C 5 min (1×); 94 °C 1 min, 53 °C 2 min, 72 °C 2 min (25×); 72 °C 5 min (1×)

765 bp

 

R:5′-CTA CAA AAG CTG CTA GTA CAT GTC T-3′

Nested Reaction

F:5′-GAA GAA GAA TGA CAA ACT TAA AAA C-3′

94 °C 5 min (1×); 94 °C 1 min, 43 °C 2 min, 72 °C 2 min (30×); 72 °C 5 min (1×)

632 bp

 

R:5′-CTT TTA AAA TAC TAT ATT CTT TAA TAT G-3′

Fragment 4

First Reaction

F:5′-GAG GTG ATC GTG TTT CCC ATT G-3′

94 °C 5 min (1×); 94 °C 1 min, 48 °C 2 min, 72 °C 2 min (25×); 72 °C 5 min (1×)

532 bp

 

R:5′-CAT TTT CAG TTT TTT TAT CAC CC-3′

Nested Reaction

F:5′-GTA AGA AAG AAA AGG AAA ATC CAT TAG-3′

94 °C 5 min (1×); 94 °C 1 min, 49 °C 2 min, 72 °C 2 min (30×); 72 °C 5 min (1×)

443 bp

 

R:5′-CTG AGT CTT GTA CAA CTT GGT C-3′

Fragment 5

First Reaction

F:5′-GAC CAA GTT GTA CAA GAC TCA G-3′

94 °C 5 min (1×); 94 °C 1 min, 48 °C 2 min, 72 °C 2 min (25×); 72 °C 5 min (1×)

737 bp

 

R:5′-GTA AGT TAA ACA TAA TTA ATA AAG CTG-3′

Nested Reaction

F: 5′-GGG TGA TAA AAA AAC TGA AAA TG-3′

94 °C 5 min (1×); 94 °C 1 min, 49 °C 2 min, 72 °C 2 min (30×); 72 °C 5 min (1×)

631 bp

 

R:5′-GCC GAG GAA ACT TGA AGA AC-3′

  1. aThis size is estimated based on that of the sequence from isolate MM1 deposited in GenBank (#FJ824669)