Skip to main content

Table 3 PCR primers and amplification conditions

From: Merozoite surface protein-1 genetic diversity in Plasmodium malariae and Plasmodium brasilianum from Brazil

Region PCR primers Amplification conditions Amplicon sizea
Fragment 1
First Reaction F:5′-GCA TCT AAA TGG CTA CTG TGA TAT AC-3′ 94 °C 5 min (1×); 94 °C 1 min, 53 °C 2 min, 72 °C 2 min (25×); 72 °C 5 min (1×) 595 bp
  R:5′-GGC ATC TGT AAA TAG ACC ATC C-3′
Nested Reaction F:5′-TAA TGA AAA GGA ATT AGA AAT G-3′ 94 °C 5 min (1×); 94 °C 1 min, 43 °C 2 min, 72 °C 2 min (30×); 72 °C 5 min (1×) 533 bp
  R:5′-CCA TAT TGA ATA CTA TAT TTT TC-3′
Fragment 2
First Reaction F: 5′-CCA TAC TAT TTA ATT GCA CTA AAG-3′ 94 °C 5 min (1×); 94 °C 1 min, 58 °C 2 min, 72 °C 2 min (25×); 72 °C 5 min (1×) 723 bp
  R:5′-ACA CAC ATA AGC AGT TTT CAA AAA G-3′
Nested Reaction F:5′-AGG GAA ATT GAT AAA TTA AAT ATT TC-3′ 94 °C 5 min (1×); 94 °C 1 min, 58 °C 2 min, 72 °C 2 min (30×); 72 °C 5 min (1×) 666 bp
  R:5′-CTT TTC AAG ATA TTG CAA TTT GGA-3′
Fragment 3
First Reaction F:5′-GCA ATG TTC TAC AAA ATC AGT ACA AAG-3′ 94 °C 5 min (1×); 94 °C 1 min, 53 °C 2 min, 72 °C 2 min (25×); 72 °C 5 min (1×) 765 bp
  R:5′-CTA CAA AAG CTG CTA GTA CAT GTC T-3′
Nested Reaction F:5′-GAA GAA GAA TGA CAA ACT TAA AAA C-3′ 94 °C 5 min (1×); 94 °C 1 min, 43 °C 2 min, 72 °C 2 min (30×); 72 °C 5 min (1×) 632 bp
  R:5′-CTT TTA AAA TAC TAT ATT CTT TAA TAT G-3′
Fragment 4
First Reaction F:5′-GAG GTG ATC GTG TTT CCC ATT G-3′ 94 °C 5 min (1×); 94 °C 1 min, 48 °C 2 min, 72 °C 2 min (25×); 72 °C 5 min (1×) 532 bp
  R:5′-CAT TTT CAG TTT TTT TAT CAC CC-3′
Nested Reaction F:5′-GTA AGA AAG AAA AGG AAA ATC CAT TAG-3′ 94 °C 5 min (1×); 94 °C 1 min, 49 °C 2 min, 72 °C 2 min (30×); 72 °C 5 min (1×) 443 bp
  R:5′-CTG AGT CTT GTA CAA CTT GGT C-3′
Fragment 5
First Reaction F:5′-GAC CAA GTT GTA CAA GAC TCA G-3′ 94 °C 5 min (1×); 94 °C 1 min, 48 °C 2 min, 72 °C 2 min (25×); 72 °C 5 min (1×) 737 bp
  R:5′-GTA AGT TAA ACA TAA TTA ATA AAG CTG-3′
Nested Reaction F: 5′-GGG TGA TAA AAA AAC TGA AAA TG-3′ 94 °C 5 min (1×); 94 °C 1 min, 49 °C 2 min, 72 °C 2 min (30×); 72 °C 5 min (1×) 631 bp
  R:5′-GCC GAG GAA ACT TGA AGA AC-3′
  1. aThis size is estimated based on that of the sequence from isolate MM1 deposited in GenBank (#FJ824669)