Comparison of quantitative real time PCR with Sequencing and ribosomal RNA-FISH for the identification of fungi in Formalin fixed, paraffin-embedded tissue specimens

Table 3 Hybridisation results obtained with FISH probes on type strains

number of mismatches (hybridisation detected)
probe	C.a.	C.g.	C.t.	I.o.	A.f.	A.t.	P.v.	S.p.	S.a.	F.s.	C.b.	M.r.	A.c.	Human
D 223	0(+)	0(+)	0(+)	2(-)	1(+)	1(+)	1(+)	5(-)	4(nt)	3(-)	6(-)	4(-)	5(-)	3
D 223 IO	2(-)	2(-)	2(-)	0(+)	3(-)	3(nt)	3(nt)	4(-)	5(nt)	5(-)	6(-)	5(-)	4(-)	2
Cand 317	0(+)	0(+)	0(+)	2(-)	3(-)	3(-)	3(nt)	3(-)	3(nt)	1(-)	2(-)	3(-)	3(-)	5
Asp F	3(-)	3(-)	4(-)	4(-)	0(+)	0(+)	1(-)	5(-)	2(nt)	2(-)	3(-)	5(-)	5(-)	9

C.a.: C. albicans, C.g.: C. glabrata, C.t.: C.tropicalis, I.o.: I. orientalis, A.f.: A. fumigatus, A.t.: A. terreus, P.v.: P. variotii, S.p.: S. prolificans, S.a.: S. apiospermum, F.s.:Fusarium solani, C.b.: C. bertholletiae, M.r.: M. racemosus, A.c.: A. corymbifera. (+): hybridisation detected, (-): no hybridisation detected, (nt): not tested.

ISSN: 1471-2334