Skip to main content

Table 2 Comparison of Plasma mNGS and (peri)pancreatic drains culture

From: Plasma metagenomic next-generation sequencing of microbial cell-free DNA detects pathogens in patients with suspected infected pancreatic necrosis

ID Plasma mNGS (Peri)pancreatic drains culture Interval time (days) PCD from AP onset (days)
P1 Negative A. baumannii 12 21
P6 E. faecium E. faecium 3 33
P7 K. pneumoniae K. pneumoniae, C. tropicalis 5 25
P11 E. coli E. coli 3 15
P13 P. aeruginosa, E. coli E. coli 5 35
P15 Rhizopus oryzae, Rhizopus delemar P. mirabilis, M. morganii 10 21
P18 A. baumannii A. baumannii 3 23
P21 E. cloacae, Citrobacter freundii E. cloacae, 10 32
P22 Ralstonia mannitolilytica Ralstonia mannitolilytica 7 29
P29 E. coli E. coli 3 27
P32 E. faecium E. faecium 2 19
P34 A. baumannii A. baumannii 6 21
P39 K. pneumoniae, C. glabrata C. glabrata 4 20
P41 Bacteroides ovatus, Clostridium bolteae E. faecium 4 22
P46 Negative A. baumannii 9 27
P48 S. epidermidis S. epidermidis 4 30
P49 E. faecium E. faecium 3 41
P54 K. pneumoniae K. pneumoniae 10 24
P61 K. aerogenes K. aerogenes, E. faecium 6 28
P63 E. coli E. coli, K. aerogenes 7 21
P67 K. pneumoniae K. pneumoniae 4 24
P75 A. baumannii, C. parapsilosis A. baumannii 14 32
P76 Negative K. pneumoniae 4 21
P78 A. baumannii, P. aeruginosa A. baumannii 10 21
P83 C. tropicalis C. tropicalis 10 23
  1. Interval time: days between sampling and IPN diagnosis. E. faecium: Enterococcus faecium, K. pneumoniae: Klebsiella pneumoniae, C. tropicalis: Candida tropicalis, E. coli: Escherichia coli, P. aeruginosa: Pseudomonas aeruginosa, C. glabrata: Candida glabrata, C. parapsilosis: Candida parapsilosis, S. epidermidis: Staphylococcus epidermidis, K. aerogenes: Klebsiella aerogenes, P. mirabilis: Proteus mirabilis, M. morganii: Morganella morganii