Plasma metagenomic next-generation sequencing of microbial cell-free DNA detects pathogens in patients with suspected infected pancreatic necrosis

Table 2 Comparison of Plasma mNGS and (peri)pancreatic drains culture

ID	Plasma mNGS	(Peri)pancreatic drains culture	Interval time (days)	PCD from AP onset (days)
P1	Negative	A. baumannii	12	21
P6	E. faecium	E. faecium	3	33
P7	K. pneumoniae	K. pneumoniae, C. tropicalis	5	25
P11	E. coli	E. coli	3	15
P13	P. aeruginosa, E. coli	E. coli	5	35
P15	Rhizopus oryzae, Rhizopus delemar	P. mirabilis, M. morganii	10	21
P18	A. baumannii	A. baumannii	3	23
P21	E. cloacae, Citrobacter freundii	E. cloacae,	10	32
P22	Ralstonia mannitolilytica	Ralstonia mannitolilytica	7	29
P29	E. coli	E. coli	3	27
P32	E. faecium	E. faecium	2	19
P34	A. baumannii	A. baumannii	6	21
P39	K. pneumoniae, C. glabrata	C. glabrata	4	20
P41	Bacteroides ovatus, Clostridium bolteae	E. faecium	4	22
P46	Negative	A. baumannii	9	27
P48	S. epidermidis	S. epidermidis	4	30
P49	E. faecium	E. faecium	3	41
P54	K. pneumoniae	K. pneumoniae	10	24
P61	K. aerogenes	K. aerogenes, E. faecium	6	28
P63	E. coli	E. coli, K. aerogenes	7	21
P67	K. pneumoniae	K. pneumoniae	4	24
P75	A. baumannii, C. parapsilosis	A. baumannii	14	32
P76	Negative	K. pneumoniae	4	21
P78	A. baumannii, P. aeruginosa	A. baumannii	10	21
P83	C. tropicalis	C. tropicalis	10	23

Interval time: days between sampling and IPN diagnosis. E. faecium: Enterococcus faecium, K. pneumoniae: Klebsiella pneumoniae, C. tropicalis: Candida tropicalis, E. coli: Escherichia coli, P. aeruginosa: Pseudomonas aeruginosa, C. glabrata: Candida glabrata, C. parapsilosis: Candida parapsilosis, S. epidermidis: Staphylococcus epidermidis, K. aerogenes: Klebsiella aerogenes, P. mirabilis: Proteus mirabilis, M. morganii: Morganella morganii

ISSN: 1471-2334