TY - JOUR AU - Lowy, F. D. PY - 1998 DA - 1998// TI - Staphylococcus aureus infections JO - N Engl J Med VL - 339 UR - https://doi.org/10.1056/NEJM199808203390806 DO - 10.1056/NEJM199808203390806 ID - Lowy1998 ER - TY - JOUR AU - David, M. Z. AU - Daum, R. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus: epidemiology and clinical consequences of an emerging epidemic JO - Clin Microbiol Rev VL - 23 UR - https://doi.org/10.1128/CMR.00081-09 DO - 10.1128/CMR.00081-09 ID - David2010 ER - TY - JOUR AU - Chambers, H. F. AU - Deleo, F. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Waves of resistance: Staphylococcus aureus in the antibiotic era JO - Nat Rev Microbiol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro2200 DO - 10.1038/nrmicro2200 ID - Chambers2009 ER - TY - JOUR AU - Fluit, A. C. AU - Wielders, C. L. AU - Verhoef, J. AU - Schmitz, F. J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Epidemiology and susceptibility of 3,051 Staphylococcus aureus isolates from 25 university hospitals participating in the European SENTRY study JO - J Clin Microbiol VL - 39 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.39.10.3727-3732.2001 DO - 10.1128/JCM.39.10.3727-3732.2001 ID - Fluit2001 ER - TY - JOUR AU - Otto, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Basis of virulence in community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus JO - Annu Rev Microbiol VL - 64 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.micro.112408.134309 DO - 10.1146/annurev.micro.112408.134309 ID - Otto2010 ER - TY - JOUR AU - DeLeo, F. R. AU - Otto, M. AU - Kreiswirth, B. N. AU - Chambers, H. F. PY - 2010 DA - 2010// TI - Community-associated meticillin-resistant Staphylococcus aureus JO - Lancet VL - 375 UR - https://doi.org/10.1016/S0140-6736(09)61999-1 DO - 10.1016/S0140-6736(09)61999-1 ID - DeLeo2010 ER - TY - JOUR AU - Klevens, R. M. AU - Edwards, J. R. AU - Tenover, F. C. AU - McDonald, L. C. AU - Horan, T. AU - Gaynes, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Changes in the epidemiology of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in intensive care units in US hospitals, 1992-2003 JO - Clin Infect Dis VL - 42 UR - https://doi.org/10.1086/499367 DO - 10.1086/499367 ID - Klevens2006 ER - TY - JOUR AU - Copin, R. AU - Shopsin, B. AU - Torres, V. J. PY - 2018 DA - 2018// TI - After the deluge: mining Staphylococcus aureus genomic data for clinical associations and host-pathogen interactions JO - Curr Opin Microbiol VL - 41 UR - https://doi.org/10.1016/j.mib.2017.11.014 DO - 10.1016/j.mib.2017.11.014 ID - Copin2018 ER - TY - JOUR AU - Li, M. AU - Diep, B. A. AU - Villaruz, A. E. AU - Braughton, K. R. AU - Jiang, X. AU - DeLeo, F. R. AU - Chambers, H. F. AU - Lu, Y. AU - Otto, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Evolution of virulence in epidemic community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0900743106 DO - 10.1073/pnas.0900743106 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Recker, M. AU - Laabei, M. AU - Toleman, M. S. AU - Reuter, S. AU - Saunderson, R. B. AU - Blane, B. AU - Torok, M. E. AU - Ouadi, K. AU - Stevens, E. AU - Yokoyama, M. PY - 2017 DA - 2017// TI - Clonal differences in Staphylococcus aureus bacteraemia-associated mortality JO - Nat Microbiol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/s41564-017-0001-x DO - 10.1038/s41564-017-0001-x ID - Recker2017 ER - TY - STD TI - Lakhundi S, Zhang K. Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus: Molecular Characterization, Evolution, and Epidemiology. Clin Microbiol Rev. 2018;31(4):e00020-18. ID - ref11 ER - TY - JOUR AU - Chen, F. J. AU - Lauderdale, T. L. AU - Huang, I. W. AU - Lo, H. J. AU - Lai, J. F. AU - Wang, H. Y. AU - Shiau, Y. R. AU - Chen, P. C. AU - Ito, T. AU - Hiramatsu, K. PY - 2005 DA - 2005// TI - Methicillin-resistant Staphylococcus aureus in Taiwan JO - Emerg Infect Dis VL - 11 UR - https://doi.org/10.3201/eid1111.050367 DO - 10.3201/eid1111.050367 ID - Chen2005 ER - TY - JOUR AU - Chuang, Y. Y. AU - Huang, Y. C. PY - 2013 DA - 2013// TI - Molecular epidemiology of community-associated meticillin-resistant Staphylococcus aureus in Asia JO - Lancet Infect Dis VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/S1473-3099(13)70136-1 DO - 10.1016/S1473-3099(13)70136-1 ID - Chuang2013 ER - TY - JOUR AU - Liao, F. AU - Gu, W. AU - Yang, Z. AU - Mo, Z. AU - Fan, L. AU - Guo, Y. AU - Fu, X. AU - Xu, W. AU - Li, C. AU - Dai, J. PY - 2018 DA - 2018// TI - Molecular characteristics of Staphylococcus aureus isolates from food surveillance in Southwest China JO - BMC Microbiol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1186/s12866-018-1239-z DO - 10.1186/s12866-018-1239-z ID - Liao2018 ER - TY - JOUR AU - Fridkin, S. K. AU - Hageman, J. C. AU - Morrison, M. AU - Sanza, L. T. AU - Como-Sabetti, K. AU - Jernigan, J. A. AU - Harriman, K. AU - Harrison, L. H. AU - Lynfield, R. AU - Farley, M. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Methicillin-resistant Staphylococcus aureus disease in three communities JO - N Engl J Med VL - 352 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa043252 DO - 10.1056/NEJMoa043252 ID - Fridkin2005 ER - TY - STD TI - Humphries RM, Kircher S, Ferrell A, Krause KM, Malherbe R, Hsiung A, Burnham CA. The Continued Value of Disk Diffusion for Assessing Antimicrobial Susceptibility in Clinical Laboratories: Report from the Clinical and Laboratory Standards Institute Methods Development and Standardization Working Group. J Clin Microbiol. 2018;56(8):e00437-18. ID - ref16 ER - TY - JOUR AU - Velasco, V. AU - Sherwood, J. S. AU - Rojas-Garcia, P. P. AU - Logue, C. M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Multiplex real-time PCR for detection of Staphylococcus aureus, mecA and Panton-valentine Leukocidin (PVL) genes from selective enrichments from animals and retail meat JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0097617 DO - 10.1371/journal.pone.0097617 ID - Velasco2014 ER - TY - JOUR AU - Bolger, A. M. AU - Lohse, M. AU - Usadel, B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170 DO - 10.1093/bioinformatics/btu170 ID - Bolger2014 ER - TY - JOUR AU - Li, R. AU - Yu, C. AU - Li, Y. AU - Lam, T. W. AU - Yiu, S. M. AU - Kristiansen, K. AU - Wang, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - SOAP2: an improved ultrafast tool for short read alignment JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp336 DO - 10.1093/bioinformatics/btp336 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Luo, R. AU - Liu, B. AU - Xie, Y. AU - Li, Z. AU - Huang, W. AU - Yuan, J. AU - He, G. AU - Chen, Y. AU - Pan, Q. AU - Liu, Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - SOAPdenovo2: an empirically improved memory-efficient short-read de novo assembler JO - Gigascience VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/2047-217X-1-18 DO - 10.1186/2047-217X-1-18 ID - Luo2012 ER - TY - JOUR AU - Besemer, J. AU - Lomsadze, A. AU - Borodovsky, M. PY - 2001 DA - 2001// TI - GeneMarkS: a self-training method for prediction of gene starts in microbial genomes. Implications for finding sequence motifs in regulatory regions JO - Nucleic Acids Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/nar/29.12.2607 DO - 10.1093/nar/29.12.2607 ID - Besemer2001 ER - TY - JOUR AU - Buchfink, B. AU - Xie, C. AU - Huson, D. H. PY - 2015 DA - 2015// TI - Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3176 DO - 10.1038/nmeth.3176 ID - Buchfink2015 ER - TY - JOUR AU - Zhao, Y. AU - Wu, J. AU - Yang, J. AU - Sun, S. AU - Xiao, J. AU - Yu, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - PGAP: pan-genomes analysis pipeline JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr655 DO - 10.1093/bioinformatics/btr655 ID - Zhao2012 ER - TY - STD TI - Delcher AL, Salzberg SL, Phillippy AM. Using MUMmer to identify similar regions in large sequence sets. Curr Protoc Bioinformatics. 2003;10(3):1-18. ID - ref24 ER - TY - JOUR AU - Klevens, R. M. AU - Morrison, M. A. AU - Nadle, J. AU - Petit, S. AU - Gershman, K. AU - Ray, S. AU - Harrison, L. H. AU - Lynfield, R. AU - Dumyati, G. AU - Townes, J. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Invasive methicillin-resistant Staphylococcus aureus infections in the United States JO - JAMA VL - 298 UR - https://doi.org/10.1001/jama.298.15.1763 DO - 10.1001/jama.298.15.1763 ID - Klevens2007 ER - TY - JOUR AU - Udo, E. E. AU - Pearman, J. W. AU - Grubb, W. B. PY - 1993 DA - 1993// TI - Genetic analysis of community isolates of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in Western Australia JO - J Hosp Infect VL - 25 UR - https://doi.org/10.1016/0195-6701(93)90100-E DO - 10.1016/0195-6701(93)90100-E ID - Udo1993 ER - TY - JOUR AU - Xiao, Y. H. AU - Giske, C. G. AU - Wei, Z. Q. AU - Shen, P. AU - Heddini, A. AU - Li, L. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Epidemiology and characteristics of antimicrobial resistance in China JO - Drug Resist Updat VL - 14 UR - https://doi.org/10.1016/j.drup.2011.07.001 DO - 10.1016/j.drup.2011.07.001 ID - Xiao2011 ER - TY - JOUR AU - Aires de Sousa, M. AU - Crisostomo, M. I. AU - Sanches, I. S. AU - Wu, J. S. AU - Fuzhong, J. AU - Tomasz, A. AU - Lencastre, H. PY - 2003 DA - 2003// TI - Frequent recovery of a single clonal type of multidrug-resistant Staphylococcus aureus from patients in two hospitals in Taiwan and China JO - J Clin Microbiol VL - 41 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.41.1.159-163.2003 DO - 10.1128/JCM.41.1.159-163.2003 ID - Aires de Sousa2003 ER - TY - JOUR AU - Kim, E. S. AU - Lee, H. J. AU - Chung, G. T. AU - Lee, Y. S. AU - Shin, D. H. AU - Jung, S. I. AU - Song, K. H. AU - Park, W. B. AU - Kim, N. J. AU - Park, K. U. PY - 2011 DA - 2011// TI - Molecular characterization of methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolates in Korea JO - J Clin Microbiol VL - 49 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.00098-11 DO - 10.1128/JCM.00098-11 ID - Kim2011 ER - TY - JOUR AU - Ko, K. S. AU - Lee, J. Y. AU - Suh, J. Y. AU - Oh, W. S. AU - Peck, K. R. AU - Lee, N. Y. AU - Song, J. H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Distribution of major genotypes among methicillin-resistant Staphylococcus aureus clones in Asian countries JO - J Clin Microbiol VL - 43 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.43.1.421-426.2005 DO - 10.1128/JCM.43.1.421-426.2005 ID - Ko2005 ER - TY - JOUR AU - Liu, Y. AU - Wang, H. AU - Du, N. AU - Shen, E. AU - Chen, H. AU - Niu, J. AU - Ye, H. AU - Chen, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Molecular evidence for spread of two major methicillin-resistant Staphylococcus aureus clones with a unique geographic distribution in Chinese hospitals JO - Antimicrob Agents Chemother VL - 53 UR - https://doi.org/10.1128/AAC.00804-08 DO - 10.1128/AAC.00804-08 ID - Liu2009 ER - TY - JOUR AU - Xu, B. L. AU - Zhang, G. AU - Ye, H. F. AU - Feil, E. J. AU - Chen, G. R. AU - Zhou, X. M. AU - Zhan, X. M. AU - Chen, S. M. AU - Pan, W. B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Predominance of the Hungarian clone (ST 239-III) among hospital-acquired meticillin-resistant Staphylococcus aureus isolates recovered throughout mainland China JO - J Hosp Infect VL - 71 UR - https://doi.org/10.1016/j.jhin.2008.10.029 DO - 10.1016/j.jhin.2008.10.029 ID - Xu2009 ER - TY - JOUR AU - Xiao, M. AU - Wang, H. AU - Zhao, Y. AU - Mao, L. L. AU - Brown, M. AU - Yu, Y. S. AU - O'Sullivan, M. V. AU - Kong, F. AU - Xu, Y. C. PY - 2013 DA - 2013// TI - National surveillance of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in China highlights a still-evolving epidemiology with 15 novel emerging multilocus sequence types JO - J Clin Microbiol VL - 51 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.01375-13 DO - 10.1128/JCM.01375-13 ID - Xiao2013 ER - TY - JOUR AU - Harris, S. R. AU - Feil, E. J. AU - Holden, M. T. AU - Quail, M. A. AU - Nickerson, E. K. AU - Chantratita, N. AU - Gardete, S. AU - Tavares, A. AU - Day, N. AU - Lindsay, J. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Evolution of MRSA during hospital transmission and intercontinental spread JO - Science VL - 327 UR - https://doi.org/10.1126/science.1182395 DO - 10.1126/science.1182395 ID - Harris2010 ER - TY - JOUR AU - Li, Y. AU - Cao, B. AU - Zhang, Y. AU - Zhou, J. AU - Yang, B. AU - Wang, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Complete genome sequence of Staphylococcus aureus T0131, an ST239-MRSA-SCCmec type III clone isolated in China JO - J Bacteriol VL - 193 UR - https://doi.org/10.1128/JB.05135-11 DO - 10.1128/JB.05135-11 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Wang, Z. AU - Zhou, H. AU - Wang, H. AU - Chen, H. AU - Leung, K. K. AU - Tsui, S. AU - Ip, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Comparative genomics of methicillin-resistant Staphylococcus aureus ST239: distinct geographical variants in Beijing and Hong Kong JO - BMC Genomics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-529 DO - 10.1186/1471-2164-15-529 ID - Wang2014 ER - TY - JOUR AU - Yan, X. AU - Wang, B. AU - Tao, X. AU - Hu, Q. AU - Cui, Z. AU - Zhang, J. AU - Lin, Y. AU - You, Y. AU - Shi, X. AU - Grundmann, H. PY - 2012 DA - 2012// TI - Characterization of Staphylococcus aureus strains associated with food poisoning in Shenzhen, China JO - Appl Environ Microbiol VL - 78 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.01165-12 DO - 10.1128/AEM.01165-12 ID - Yan2012 ER - TY - JOUR AU - Li, G. AU - Wu, S. AU - Luo, W. AU - Su, Y. AU - Luan, Y. AU - Wang, X. PY - 2015 DA - 2015// TI - Staphylococcus aureus ST6-t701 isolates from food-poisoning outbreaks (2006-2013) in Xi’an, China JO - Foodborne Pathog Dis VL - 12 UR - https://doi.org/10.1089/fpd.2014.1850 DO - 10.1089/fpd.2014.1850 ID - Li2015 ER - TY - JOUR AU - Diep, B. A. AU - Gill, S. R. AU - Chang, R. F. AU - Phan, T. H. AU - Chen, J. H. AU - Davidson, M. G. AU - Lin, F. AU - Lin, J. AU - Carleton, H. A. AU - Mongodin, E. F. PY - 2006 DA - 2006// TI - Complete genome sequence of USA300, an epidemic clone of community-acquired meticillin-resistant Staphylococcus aureus JO - Lancet VL - 367 UR - https://doi.org/10.1016/S0140-6736(06)68231-7 DO - 10.1016/S0140-6736(06)68231-7 ID - Diep2006 ER - TY - JOUR AU - Stegger, M. AU - Price, L. B. AU - Larsen, A. R. AU - Gillece, J. D. AU - Waters, A. E. AU - Skov, R. AU - Andersen, P. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome sequence of Staphylococcus aureus strain 11819-97, an ST80-IV European community-acquired methicillin-resistant isolate JO - J Bacteriol VL - 194 UR - https://doi.org/10.1128/JB.06653-11 DO - 10.1128/JB.06653-11 ID - Stegger2012 ER - TY - JOUR AU - Chua, K. Y. AU - Seemann, T. AU - Harrison, P. F. AU - Monagle, S. AU - Korman, T. M. AU - Johnson, P. D. AU - Coombs, G. W. AU - Howden, B. O. AU - Davies, J. K. AU - Howden, B. P. PY - 2011 DA - 2011// TI - The dominant Australian community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus clone ST93-IV [2B] is highly virulent and genetically distinct JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0025887 DO - 10.1371/journal.pone.0025887 ID - Chua2011 ER - TY - JOUR AU - Huang, T. W. AU - Chen, F. J. AU - Miu, W. C. AU - Liao, T. L. AU - Lin, A. C. AU - Huang, I. W. AU - Wu, K. M. AU - Tsai, S. F. AU - Chen, Y. T. AU - Lauderdale, T. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Complete genome sequence of Staphylococcus aureus M013, a pvl-positive, ST59-SCCmec type V strain isolated in Taiwan JO - J Bacteriol VL - 194 UR - https://doi.org/10.1128/JB.06666-11 DO - 10.1128/JB.06666-11 ID - Huang2012 ER - TY - JOUR AU - Li, J. AU - Wang, L. AU - Ip, M. AU - Sun, M. AU - Sun, J. AU - Huang, G. AU - Wang, C. AU - Deng, L. AU - Zheng, Y. AU - Fu, Z. PY - 2013 DA - 2013// TI - Molecular and clinical characteristics of clonal complex 59 methicillin-resistant Staphylococcus aureus infections in mainland China JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0070602 DO - 10.1371/journal.pone.0070602 ID - Li2013 ER - TY - JOUR AU - Chen, C. J. AU - Unger, C. AU - Hoffmann, W. AU - Lindsay, J. A. AU - Huang, Y. C. AU - Gotz, F. PY - 2013 DA - 2013// TI - Characterization and comparison of 2 distinct epidemic community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus clones of ST59 lineage JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0063210 DO - 10.1371/journal.pone.0063210 ID - Chen2013 ER - TY - JOUR AU - Huh, K. AU - Chung, D. R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Changing epidemiology of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus in the Asia-Pacific region JO - Expert Rev Anti-Infect Ther VL - 14 UR - https://doi.org/10.1080/14787210.2016.1236684 DO - 10.1080/14787210.2016.1236684 ID - Huh2016 ER - TY - JOUR AU - Feng, Y. AU - Chen, H. L. AU - Chen, C. J. AU - Chen, C. L. AU - Chiu, C. H. PY - 2017 DA - 2017// TI - Genome comparisons of two Taiwanese community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus ST59 clones support the multi-origin theory of CA-MRSA JO - Infect Genet Evol VL - 54 UR - https://doi.org/10.1016/j.meegid.2017.06.018 DO - 10.1016/j.meegid.2017.06.018 ID - Feng2017 ER - TY - JOUR AU - Qu, T. AU - Feng, Y. AU - Jiang, Y. AU - Zhu, P. AU - Wei, Z. AU - Chen, Y. AU - Otto, M. AU - Yu, Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - Whole genome analysis of a community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus ST59 isolate from a case of human sepsis and severe pneumonia in China JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0089235 DO - 10.1371/journal.pone.0089235 ID - Qu2014 ER - TY - JOUR AU - Cheng, V. C. C. AU - Wong, S. C. AU - Cao, H. AU - Chen, J. H. K. AU - So, S. Y. C. AU - Wong, S. C. Y. AU - Sridhar, S. AU - Yuen, K. Y. AU - Ho, P. L. PY - 2019 DA - 2019// TI - Whole-genome sequencing data-based modeling for the investigation of an outbreak of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a neonatal intensive care unit in Hong Kong JO - Eur J Clin Microbiol Infect Dis VL - 38 UR - https://doi.org/10.1007/s10096-018-03458-y DO - 10.1007/s10096-018-03458-y ID - Cheng2019 ER -