Skip to main content

Table 1 Spoligotypes shared by M. tuberculosis strains evaluated in this study

From: Role of MIRU-VNTR and spoligotyping in assessing the genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis in Henan Province, China

Octonary code of Spoligotype Spoligotyping Familya SITb No.c Prevalenced
000000000003771 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■ BEIJING 1 546 81.74%
000000000003571 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■□■■■■■ BEIJING-LIKE 632 2 0.30%
000000000003731 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■□■■■ BEIJING-LIKE 190 2 0.30%
000000000000071 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■ BEIJING-LIKE ORPHAN 1 0.15%
000000000003661 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■□■■□■ BEIJING-LIKE 1651 1 0.15%
000000000003751 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■□■■ BEIJING-LIKE 941 1 0.15%
000000000000771 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■ BEIJING-LIKE 269 5 0.75%
777,777,760,020,771 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□■□□□□■■■■■■■ H3 791 1 0.15%
777,777,777,020,771 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■□□□□■■■■■■■ H3   1 0.15%
000000007760771 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ LAM3 and S /convergent 4 1 0.15%
777,777,777,613,771 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□■□■■■■■■■■■ MANU1 ORPHAN 1 0.15%
777,777,777,763,771 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■ MANU2 54 16 2.40%
757,777,777,763,771 ■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■ MANU2 ORPHAN 2 0.30%
777,737,777,763,771 ■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■ MANU2 583 1 0.15%
777,777,577,763,771 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■ MANU2 ORPHAN 1 0.15%
576,377,777,760,771 ■□■■■■■■□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ S 1211 1 0.15%
777,777,777,760,771 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ T1 53 54 8.08%
037777777760771 □□□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ T1 272 1 0.15%
577,777,777,760,771 ■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ T1 334 1 0.15%
777,703,777,760,771 ■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ T1 102 1 0.15%
777,777,437,760,771 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ T1 1051 1 0.15%
777,777,777,760,631 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■□□■■■ T1 888 1 0.15%
777,777,777,760,731 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■ T2 52 6 0.90%
577,777,777,760,731 ■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■ T2 1302 1 0.15%
777,737,777,760,771 ■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ T3 37 8 1.20%
577,737,777,760,771 ■□■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ T3 ORPHAN 2 0.30%
777,777,777,760,011 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□■■ U   1 0.15%
563,777,777,760,771 ■□■■■□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ unknowne   1 0.15%
577,777,403,760,771 ■□■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□■■■■■■■□□□□■■■■■■■ unknown   1 0.15%
703,777,760,000,771 ■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■ unknown   1 0.15%
703,777,760,063,771 ■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□■■□□■■■■■■■■■ unknown   1 0.15%
741,777,777,760,731 ■■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■ unknown   1 0.15%
777,660,007,460,771 ■■■■■■■■■■■□■■□□□□□□□□□□■■■■□□■■□□□□■■■■■■■ unknown   1 0.15%
777,777,307,760,731 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■□□□■■■■■■■■□□□□■■■□■■■ unknown   1 0.15%
777,777,775,760,631 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■□□□□■■□□■■■ unknown   1 0.15%
  1. aRepresenting spoligotype families annotated in SITVITWEB database
  2. bSIT from SITVITWEB database
  3. cNumber of strains with the same SIT
  4. dPrevalence represents the percentage of isolates with a common SIT among all isolates in this study
  5. eunknown represents the spoligotyping type which is not found in SITVITWEB database