Skip to main content

Table 1 Spoligotypes shared by M. tuberculosis strains evaluated in this study

From: Role of MIRU-VNTR and spoligotyping in assessing the genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis in Henan Province, China

Octonary code of Spoligotype

Spoligotyping

Familya

SITb

No.c

Prevalenced

000000000003771

â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– 

BEIJING

1

546

81.74%

000000000003571

â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â–¡â– â– â– â– â– 

BEIJING-LIKE

632

2

0.30%

000000000003731

â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â–¡â– â– â– 

BEIJING-LIKE

190

2

0.30%

000000000000071

â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– 

BEIJING-LIKE

ORPHAN

1

0.15%

000000000003661

â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â–¡â– â– â–¡â– 

BEIJING-LIKE

1651

1

0.15%

000000000003751

â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â–¡â– â– 

BEIJING-LIKE

941

1

0.15%

000000000000771

â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

BEIJING-LIKE

269

5

0.75%

777,777,760,020,771

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

H3

791

1

0.15%

777,777,777,020,771

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

H3

 

1

0.15%

000000007760771

â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

LAM3 and S /convergent

4

1

0.15%

777,777,777,613,771

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– 

MANU1

ORPHAN

1

0.15%

777,777,777,763,771

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– 

MANU2

54

16

2.40%

757,777,777,763,771

â– â– â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– 

MANU2

ORPHAN

2

0.30%

777,737,777,763,771

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– 

MANU2

583

1

0.15%

777,777,577,763,771

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– 

MANU2

ORPHAN

1

0.15%

576,377,777,760,771

â– â–¡â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

S

1211

1

0.15%

777,777,777,760,771

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

T1

53

54

8.08%

037777777760771

â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

T1

272

1

0.15%

577,777,777,760,771

â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

T1

334

1

0.15%

777,703,777,760,771

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

T1

102

1

0.15%

777,777,437,760,771

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

T1

1051

1

0.15%

777,777,777,760,631

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â–¡â–¡â– â– â– 

T1

888

1

0.15%

777,777,777,760,731

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â–¡â– â– â– 

T2

52

6

0.90%

577,777,777,760,731

â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â–¡â– â– â– 

T2

1302

1

0.15%

777,737,777,760,771

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

T3

37

8

1.20%

577,737,777,760,771

â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

T3

ORPHAN

2

0.30%

777,777,777,760,011

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– 

U

 

1

0.15%

563,777,777,760,771

â– â–¡â– â– â– â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

unknowne

 

1

0.15%

577,777,403,760,771

â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

unknown

 

1

0.15%

703,777,760,000,771

â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

unknown

 

1

0.15%

703,777,760,063,771

â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– 

unknown

 

1

0.15%

741,777,777,760,731

â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â–¡â– â– â– 

unknown

 

1

0.15%

777,660,007,460,771

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â–¡â–¡â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

unknown

 

1

0.15%

777,777,307,760,731

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â– â– â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â–¡â– â– â– 

unknown

 

1

0.15%

777,777,775,760,631

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â–¡â–¡â– â– â– 

unknown

 

1

0.15%

  1. aRepresenting spoligotype families annotated in SITVITWEB database
  2. bSIT from SITVITWEB database
  3. cNumber of strains with the same SIT
  4. dPrevalence represents the percentage of isolates with a common SIT among all isolates in this study
  5. eunknown represents the spoligotyping type which is not found in SITVITWEB database