Skip to main content

Table 1 Bacterial strains and reactivity in the RPA and PCR assays

From: Development of a rapid recombinase polymerase amplification assay for the detection of Streptococcus pneumoniae in whole blood

Organism Strain IDa RPA PCR
S. pneumoniae DSM 20566 + +
S. pneumoniae DSM 11865 + +
S. pneumoniae DSM 11866 + +
S. pneumoniae DSM 14377 + +
S. pneumoniae DSM 24048 + +
S. pneumoniae DSM 11868 + +
S. pneumoniae DSM 25971 + +
S. pneumoniae DSM 14378 + +
Clinical Isolates
S. pneumoniae Clinical Isolates (n = 19) + +
S. agalactiae Clinical isolate (n = 1) - -
N. meningitidis Clinical isolate (n = 1) - -
Non-S. pneumonia reference strains
S. agalactiae BCCM 15081 - -
S. agalactiae BCCM 15082 - -
S. agalactiae BCCM 15083 - -
S. agalactiae BCCM 15084 - -
S. agalactiae BCCM 15085 - -
S. agalactiae BCCM 15086 - -
S. agalactiae BCCM 15087 - -
S. agalactiae BCCM 15094 - -
S. agalactiae BCCM 15095 - -
S. anginosus BCCM 20563 - -
S. australis BCCM 15627 - -
S. bovis BCCM 20480 - -
S. canis BCCM 20715 - -
S. constellatus BCCM 20575 - -
S. cristatus DSM 8249 - -
S. downei DSM 5365 - -
S. dysgalactiae DSM 6176 - -
S. equi DSM 20561 - -
S. equinis DSM 20554 - -
S. gordonii DSM 6777 - -
S. infantis DSM 12492 - -
S. intermedius DSM 20573 - -
S. mitis DSM 12643 - -
S. mutans DSM 20523 - -
S. oralis DSM 20066 - -
S. parasanguinis DSM 6778 - -
S. perosis DSM 12493 - -
S. porcinus DSM 20725 - -
S. pseudopneumoniae DSM 18670 - -
S. pyogenes DSM 2072 - -
S. pyogenes DSM 20565 - -
S. salivarius DSM 20560 - -
S. salivarius DSM 20617 - -
S. sanguinis DSM 20567 - -
S. sinensis DSM 14990 - -
S. suis DSM 9682 - -
S. uberis DSM 20569 - -
S. vestibularis DSM 5636 - -
H. influenzae DSM 4690 - -
H. influenzae DSM 11121 - -
H. parainfluenzae DSM 8978 - -
H. haemolyticus CCUG 15312 - -
H. somnus CCUG 12839 - -
N. meningitidis DSM 10036 - -
K. pneumoniae DSM 30184 - -
P. aeruginosa DSM 50071 - -
E. coli DSM 30083 - -
E. faecalis DSM 20317 - -
C. albicans CBS 2700 - -
B. fragilis DSM 2151 - -
M. cattarhalis DSM 11994 - -
S. aureus DSM 346 - -
  1. aDSM Leibniz-Institut, DSMZ Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH, BCCM Belgian Coordinated Collections of Microorganisms, CCUG Culture Collection, University of Göteborg, Sweden