Species | PCR reaction | Primers set | Primers sequence (5’-3’) | PCR conditions | Total cycles (2–4)f | Product size | Reference | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 |  |  |  | 1a | 2b | 3c | 4d | 5e |  |  |  |
Blastocystis sp. |  | Blast 505–532 | F-GGA GGT AGT GAC AAT AAA TC | 95 °C, 4 min | 95 °C, 30 s | 54 °C, 30 s | 72 °C, 30 s | 72 °C, 5 min | 35 | 500 bp | Böhm-Gloning et al., 1997 |
 | Blast 998–1017 | R TGC TTT CGC ACT TGT TCA TC | Santin et al., 2011 | ||||||||
S. stercoralis | Primary | SS–FO | F-ATC CTT CCA ATC GCT GTT GT | 94 °C, 5 min | 94 °C, 45 s | 58 °C, 60 s | 72 °C, 1 min | 72 °C, 5 min | 35 |  | Nilforoushan et al., 2007 |
 | SS–RO | R-TTT CGT GAT GGG CTA ATT CC | |||||||||
Secondary | SS–FI | F-GTA ACA AGG TTT TCG TAG GTG A | 94 °C, 2 min | 94 °C, 45 s | 60 °C, 45 s | 72 °C, 1 min | 72 °C, 5 min | 30 | 680 bp |  | |
 | SS–RI | R-ATT TAG TTT CTT TTC CTC CGC TT |  | ||||||||
Entamoeba | Primary | E-1 | F-TAA GAT GCA CGA GAG CGA AA | 96 °C, 2 min | 92 °C, 1 min | 56 °C, 1 min | 72 °C, 1 min 30 s | 72 °C, 7 min | 30 |  | Khairnar & Parija, 2007 |
 |  | E-2 | R-GTA CAA AGG GCA GGG ACG TA |  |  |  |  |  |  |  |  |
E. histolytica | Secondary | EH-1 | F-AAG CAT TGT TTC TAG ATC TGA G | 96 °C, 2 min | 92 °C, 1 min | 48 °C, 1 min | 72 °C, 1 min 30 s | 72 °C, 7 min |  | 439 bp |  |
 |  | EH-2 | R-AAG AGG TCT AAC CGA AAT TAG |  |  |  |  |  |  |  |  |
E.dispar | Â | ED-1 | F-TCT AAT TTC GAT TAG AAC TCT | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 174Â bp | Â |
 |  | ED-2 | R-TCC CTA CCTATT AGA CAT AGC |  |  |  |  |  |  |  |  |
E. moshkovskii | Â | Mos-1 | F-GAA ACC AAG AGT TTC ACA AC | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 553Â bp | Â |
 |  | Mos-2 | R-CAA TAT AAG GCT TGG ATG AT |  |  |  |  |  |  |  |  |
 |  |  |  |  |  |  | Reference | ||||
 |  |  |  |  |  |  |  | 5 |  |  |  |
C. parvum | Primary | N-DIAGF2 | F-CAA TTG GAG GGC AAG TCT GGT GCC AGC | 95 °C, 5 min | 94 °C, 30 sec | 68 °C, 1 min | 72 °C, 30 sec | 72 °C, 10 min | 35 | 655 to 667 bp | Nichols et al., 2003 |
 |  | N-DIAGR2 | R-CCT TCC TAT GTC TGG ACC TGG TGA GT |  |  |  |  |  |  |  |  |
 | Secondary | CPB-DIAGF | F-AAG CTC GTA GTA GTT GGA TTC TG | 95 °C, 5 min | 94 °C, 30 sec | 60 °C, 1 min | 72 °C, 30 sec | 72 °C, 10 min |  | 435 bp | Johnson et al., 1995 |
 |  | CPB-DIAGR | R-TAA GGT GCT GAA GGA GTA AGG |  |  |  |  |  |  |  |  |