Skip to main content

Table 1 Frequency of amino acid variations for positions 16 and 170 of p24 of sequences deposited in the Los Alamos National Laboratory sequence database

From: Impact of naturally occurring amino acid variations on the detection of HIV-1 p24 in diagnostic antigen tests

Subtypes

Amino acids at position 16

 

Amino acids at position 170

 

S

T

A

H

L

M

Y

Q

Total

K

R

N

E

I

T

Y

Total

A (A1/A2)

330

6

2

    

1

339

334

3

1

 

1

  

339

97.35 %

1.77 %

0.59 %

    

0.29 %

 

98.53 %

0.88 %

0.29 %

 

0.29 %

   

B

4′387

78

45

  

1

1

 

4′512

4′412

112

     

4′525

97.23 %

1.73 %

1.00 %

  

0.02 %

0.02 %

  

97.50 %

2.48 %

   

1

  

C

2′369

50

11

2

1

   

2′433

2′357

68

1

    

2′426

97.37 %

2.06 %

0.45 %

0.08 %

0.04 %

    

97.16 %

2.80 %

0.04 %

     

D

123

5

      

128

126

  

1

   

127

96.09 %

3.91 %

       

99.21 %

  

0.79 %

    

F (F1/F2)

85

2

      

87

77

6

1

    

84

97.70 %

2.30 %

       

91.67 %

7.14 %

1.19 %

     

G

65

1

      

66

64

      

64

98.48 %

1.52 %

       

100.00 %

       

CRF01_AE

1′015

1

1

     

1′017

1′012

4

     

1′016

99.80 %

0.10 %

0.10 %

      

99.61 %

0.39 %

      

CRF02_AG

97

   

1

   

98

96

2

     

98

98.98 %

   

1.02 %

    

97.96 %

2.04 %

      

CRF07_BC

140

       

140

139

      

139

100.00 %

        

100.00 %

       

Other group M

1′456

20

3

     

1′479

1′457

20

   

1

 

1′478

98.44 %

1.35 %

0.20 %

      

98.58 %

1.35 %

   

0.07 %

  

Group O

20

       

9

20

      

20

100.00 %

        

100.00 %

       

Group N

 

9

      

20

8

1

     

9

 

100.00 %

       

88.89 %

11.11 %

      

Group P

2

       

2

2

      

2

100.00 %

        

100.00 %

       

Unclassified

36

2

      

38

38

      

38

94.74 %

5.26 %

       

100.00 %

       

Total

10′125

174

62

2

2

1

1

1

10′368

10′142

216

3

1

1

1

1

10′365

97.66 %

1.68 %

0.60 %

0.02 %

0.02 %

0.01 %

0.01 %

0.01 %

 

97.85 %

2.08 %

0.03 %

0.01 %

0.01 %

0.01 %

0.01 %