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Table 1 Frequency of amino acid variations for positions 16 and 170 of p24 of sequences deposited in the Los Alamos National Laboratory sequence database

From: Impact of naturally occurring amino acid variations on the detection of HIV-1 p24 in diagnostic antigen tests

Subtypes Amino acids at position 16   Amino acids at position 170  
S T A H L M Y Q Total K R N E I T Y Total
A (A1/A2) 330 6 2      1 339 334 3 1   1    339
97.35 % 1.77 % 0.59 %      0.29 %   98.53 % 0.88 % 0.29 %   0.29 %    
B 4′387 78 45    1 1   4′512 4′412 112       4′525
97.23 % 1.73 % 1.00 %    0.02 % 0.02 %    97.50 % 2.48 %     1   
C 2′369 50 11 2 1     2′433 2′357 68 1      2′426
97.37 % 2.06 % 0.45 % 0.08 % 0.04 %      97.16 % 2.80 % 0.04 %      
D 123 5        128 126    1     127
96.09 % 3.91 %         99.21 %    0.79 %     
F (F1/F2) 85 2        87 77 6 1      84
97.70 % 2.30 %         91.67 % 7.14 % 1.19 %      
G 65 1        66 64        64
98.48 % 1.52 %         100.00 %        
CRF01_AE 1′015 1 1       1′017 1′012 4       1′016
99.80 % 0.10 % 0.10 %        99.61 % 0.39 %       
CRF02_AG 97     1     98 96 2       98
98.98 %     1.02 %      97.96 % 2.04 %       
CRF07_BC 140         140 139        139
100.00 %          100.00 %        
Other group M 1′456 20 3       1′479 1′457 20     1   1′478
98.44 % 1.35 % 0.20 %        98.58 % 1.35 %     0.07 %   
Group O 20         9 20        20
100.00 %          100.00 %        
Group N   9        20 8 1       9
  100.00 %         88.89 % 11.11 %       
Group P 2         2 2        2
100.00 %          100.00 %        
Unclassified 36 2        38 38        38
94.74 % 5.26 %         100.00 %        
Total 10′125 174 62 2 2 1 1 1 10′368 10′142 216 3 1 1 1 1 10′365
97.66 % 1.68 % 0.60 % 0.02 % 0.02 % 0.01 % 0.01 % 0.01 %   97.85 % 2.08 % 0.03 % 0.01 % 0.01 % 0.01 % 0.01 %