| Assays Target | Format Assay | Primers | Amplicon size (bp) | cycle |
---|---|---|---|---|---|
1. | 16SrRNA | Multiplex | Â | Â | Â |
 |  | C.pneumoniae |  |  |  |
 |  |  | 5' TGA CAA CTG TAG AAA TAC AGC 3' | 463 bp | 30 |
 |  |  | 5' TAA ATA TCC TCT CTC CGC 3' |  |  |
 |  | C.psittaci |  |  |  |
 |  |  | 5' TGA CCG CGG CAG AAA TGT CGT 3' |  |  |
 |  |  | 5' GAC GTT TCC TCT CTC CGC 3' |  |  |
 |  | C.trachomatis |  |  |  |
 |  |  | 5' TGA CCG CGG CAG AAA TGT CGT 3' |  |  |
 |  |  | 5'GGC GTT CCC TCT CTC CGC 3' |  |  |
2. | Omp1 | Semi-nested | Â | Â | Â |
 |  | (1st pair) |  |  |  |
 |  |  | 5' TGC CAA CAG ACG CTG GCG T 3' |  | 35 |
 |  |  | 5' TCT GAA CTG ACC AGA TAC GT 3' |  |  |
 |  | (2nd pair) |  |  |  |
 |  |  | 5' TGC GAC CAT CAA TTC TCA TG 3' | 360 bp | 30 |
 |  |  | 5' TCT GAA CTG ACC AGA TAC GT 3' |  |  |
3. | 16SrRNA | Nested | Â | Â | Â |
 |  | (1st pair) |  |  |  |
 |  |  | 5' GCT GGC GGC GTG GAT G 3' |  | 30 |
 |  |  | 5' CGA CAC GGA TGG GGT TG 3' |  |  |
 |  | (2nd pair) |  |  |  |
 |  |  | 5' TGG CGG AAG GGT TAG TAG TA 3' | 570 bp | 30 |
 |  |  | 5' CCC TTT TCC CCA TCT ATC C 3' |  |  |