Stability of glycoprotein gene sequences of herpes simplex virus type 2 from primary to recurrent human infection, and diversity of the sequences among patients attending an STD clinic

Table 3 Sequence differences between HSV-2 HG52 and clinical isolates of HSV-2 in the database

Gene	UL27/gB (2715nt)			US4/gG (2100nt)			US7/gI (1119nt)			US8/gE (1638nt)
Total no. of isolates	69			64			49			48
Nucleotide diversity (%) affecting:
1 isolate	1.14			2.24			1.70			1.40
≥2 isolates	0.81			1.52			0.80			0.55
	*Position*	*No. of isolates*	*Substitutions, comments*	*Position*	*No. of isolates*	*Substitutions, comments*	*Position*	*No. of isolates*	*Substitutions, comments*	*Position*	*No. of isolates*	*Substitutions, comments*
	19	21	A ⇒ G	104	58	G ⇒ A	39	5	C ⇒ T	131	46	ins. GGC CGG AGG
	64-72 or 76-84*	66	del. GCC CCG GCG or GCG GCC CCG	274	26	T ⇒ C	338	2	A ⇒ G	341	2	G ⇒ T
	104	2	G ⇒ A	329	17	G ⇒ A	530	2	C ⇒ T	392	11	T ⇒ G
	106	2	G ⇒ A	405	8	C ⇒ T	618	3	A ⇒ G	605	6	C ⇒ A
	117	6	C ⇒ G	432	22	G ⇒ C	642	2	A ⇒ C	1146	8	A ⇒ G
	146	48	G ⇒ A	611	10	C ⇒ T	643	13	C ⇒ T	1211	14	A ⇒ C
	179	13	A ⇒ G	635	13	G ⇒ A	644	6	C ⇒ T	1245	2	C ⇒ T
	210	8	C ⇒ T	872	3	A ⇒ G	716	45	T ⇒ G	1293	2	C ⇒ T
	211	13	A ⇒ G	878-880	16	del. TCG	717	11	A ⇒ C	1621	44**	C ⇒ T
	850	2	C ⇒ T	891	4	G ⇒ A
	989	16	G ⇒ A	930	50	C ⇒ T
	1186	35	G ⇒ C	982	2	G ⇒ A
	2247	47	A ⇒ C	993	2	G ⇒ T
Specification of substitutions affecting ≥2 isolates	2533	29	G ⇒ C	1045	19	G ⇒ A
				1048	64	A ⇒ G
				1116	64	A⇒ G
				1125	2	C ⇒ A
				1268	37	T ⇒ C
				1282-1285 or 1284-1286*	63	del.GCG or GGC
				1324	7	T ⇒ C
				1419	2	A ⇒ G
				1470	7	G ⇒ A
				1510	3	A ⇒ G
				1722	2	G ⇒ T
				1758	2	T ⇒ C
				1761	7	G ⇒ C
				1853	4	G ⇒ A
				1994	2	T ⇒ G

*Alternative alignments. **Lacking sequences in the 3′- end of a few isolates. Nt nucleotides, Del Deletion, Ins insertion. Positions are numbered from the first nucleotide in the start codon.

ISSN: 1471-2334