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Table 1 IS6110 Restriction fragment length polymorphism (RFLP), spoligotyping, and mycobacterial interspersed repetitive unit variable numbers of tandem repeat (MIRU-VNTR) typing patterns of Mycobacterium tuberculosis isolates from index case (IC) and household contact (HC) cases from the Philippines

From: Genotypic characteristics of Mycobacterium tuberculosis isolated from household contacts of tuberculosis patients in the Philippines

Household/index group RFLP Pattern Spoligotype pattern MIRU-VNTR Code Lineage/family Methods with matching paired IC-HC DST match?
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IC1 5–13 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ ■□□ □□■ □■■ ■■■ ■■■ ■ 244336223432 Manila   
HC1 5–13 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ ■□□ □□■ □■■ ■■■ ■■■ ■ 244336223432 Manila RFLP/Spoligo/MIRU No
IC2 10–14 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ ■□□ □□■ □■■ ■■■ ■■■ ■ 254326223432 Manila   
HC2 34–13 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ ■□□ □□■ □■■ ■■■ ■■■ ■ 254326223432 Manila Spoligo/MIRU No
IC3 2–13 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ □□□ □□□ □□■ ■■■ ■■■ ■ 254326223432 ND   
HC3 2–13 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ □□□ □□□ □□■ ■■■ ■■■ ■ 254326223432 ND RFLP/Spoligo/MIRU No
IC4 35–11 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ ■□□ □□■ □■■ ■■■ ■■■ ■ 254326223422 Manila   
HC4 3–12 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ □■■ ■□□ ■■■ ■■■ ■□□ □□■ □■■ ■■■ ■■■ ■ 254326223432 ND None No
IC5 1–13 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ ■□□ □□■ □■■ ■■■ ■■■ ■ 254326223332 Manila   
HC5 1–13 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ ■□□ □□■ □■■ ■■■ ■■■ ■ 254326223332 Manila RFLP/Spoligo/MIRU Yes
IC6 11–15 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ ■□□ □□■ □■■ ■■■ ■■■ ■ 234326223432 Manila   
HC6.1 4–16 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ ■□□ □□■ □■■ ■■■ ■■■ ■ 234326223432 Manila Spoligo/MIRU (IC6/HC6.1) No
HC6.2 6–14 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ ■□□ □□■ □■■ ■■■ ■■■ ■ 234326223432 Manila Spoligo/MIRU (IC6/HC6.2) No
HC6.3 7–13 □■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ ■□□ □□■ □□□ ■■■ ■■■ ■ 253326223432 ND None (IC6/HC6.3) No
IC7 19–12 ■■□ ■■■ ■□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □□■ ■■■ ■ 254326223432 ND   
HC7.1 20–13 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ ■□□ □□■ □■■ ■■■ ■■■ ■ 254326223432 Manila MIRU (IC7/HC7.1) No
HC7.2 18–11 ■■□ ■■■ □■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ ■□□ □□■ □□■ □■■ ■■■ ■ 274326223432 ND None (IC7/HC7.1) No
IC8 12–15 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ ■□□ □□■ □■■ ■■■ ■■■ ■ 234326223432 Manila   
HC8 37–13 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ ■□□ □□■ □■■ ■■■ ■■■ ■ 254326223432 Manila Spoligo No
IC9 14–19 □□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □■■ ■■■ ■■■ ■ 223325173533 Beijing   
HC9 14–19 □□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □■■ ■■■ ■■■ ■ 223325173533 Beijing RFLP/Spoligo/MIRU Yes
IC10 27–12 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ ■□□ □□■ □■■ ■■■ ■■■ ■ 254326223422 Manila   
HC10 27–12 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ ■□□ □□■ □■■ ■■■ ■■■ ■ 254326223422 Manila RFLP/Spoligo/MIRU Yes
IC11 25–15 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ □□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □□□ □ 254326224332 ND   
HC11 23–12 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ ■□□ □□■ □■■ ■■■ ■■■ ■ 254326223432 ND MIRU No
IC12 32–11 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■□ □□□ □□□ □□□ ■■□ □□□ ■■■ ■■■ ■ 224227163221 ND   
HC12 28–13 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■□ □□□ □□□ □□□ ■■□ □□□ ■■■ ■■■ ■ 224227163321 ND Spoligo/MIRU No
IC13 29–11 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ ■□□ □□■ □■■ ■■■ ■■■ ■ 354326223422 Manila   
HC13 29–11 ■■□ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■■■ ■□□ ■■■ ■■■ ■□□ □□■ □■■ ■■■ ■■■ ■ 354326223422 Manila RFLP/Spoligo/MIRU No
  1. RFLP = restriction fragment length polymorphism; Spoligo = spligotyping; MIRU = multiple interspersed repeating units/variable number tandem repeats; ND = not determined; IC = index case; HC = household contact patient, DST = drug susceptibility.
  2. When known, lineage information is listed.