Skip to main content

Table 3 Retrospective 12-loci MIRU analysis of a subset of 44 M. tuberculosis strains initially clustered by using the combination of spoligotyping with 5-loci VNTRs

From: Use of genotyping based clustering to quantify recent tuberculosis transmission in Guadeloupe during a seven years period: analysis of risk factors and access to health care

Cluster

SIT

Spoligotype

VNTR

VIT

12-loci MIRU

MIT

Nb of strains

F (n = 2)

3

â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â–¡â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

32332 

17 

224313153223

181

1

225313153223

810

1

J (n = 2)

5

â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

42533

193

223325153322

15

2

G2 (n = 3)

14

â– â–¡â– â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

32333

18

224325133324

122

1

224325133325

28

1

224325133326

1042

1

C2 (n = 5)

17 

â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

22433

10

224226163321

26

4

Not Amplified

 

1

C3 (n = 3)

20 

â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

22433

10

223226163321

307

2

223226193321

1048

1

A (n = 4)

42

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

21233

2

224226143321

738

1

224226153321

25

3

B1 (n = 4)

42

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

21433 

3

224226153321

25

3

233126142321

1539

1

I1 (n = 2)

44

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

32433

23

223326153323

236

2

G4 (n = 6)

50

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

32333

18 

224325153321

161

1

225313153322

184

1

225313153323

42

3

225323153323

43

1

H (n = 3)

53

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

32334

19

227325163423

802

1

228225163423

806

1

228325163423

415

1

C1 (n = 3)

53

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

22433

10

222325153324

146

1

223225153322

296

1

223425143322

160

1

B2 (n = 7)

93

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

21433

3

224226143321

738

2

224226153321

25

5

Back to article page

BMC Infectious Diseases

ISSN: 1471-2334

Contact us