Skip to main content

Table 3 Retrospective 12-loci MIRU analysis of a subset of 44M. tuberculosis strains initially clustered by using the combination of spoligotyping with 5-loci VNTRs

From: Use of genotyping based clustering to quantify recent tuberculosis transmission in Guadeloupe during a seven years period: analysis of risk factors and access to health care

Cluster SIT Spoligotype VNTR VIT 12-loci MIRU MIT Nb of strains
F (n = 2) 3 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■□■□□□□■■■■■■■ 32332  17  224313153223 181 1
225313153223 810 1
J (n = 2) 5 □□□□□□□□□■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 42533 193 223325153322 15 2
G2 (n = 3) 14 ■□■□□□□□□□□□■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 32333 18 224325133324 122 1
224325133325 28 1
224325133326 1042 1
C2 (n = 5) 17  ■■□■■■■■■■■■□■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 22433 10 224226163321 26 4
Not Amplified   1
C3 (n = 3) 20  ■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 22433 10 223226163321 307 2
223226193321 1048 1
A (n = 4) 42 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 21233 2 224226143321 738 1
224226153321 25 3
B1 (n = 4) 42 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 21433  3 224226153321 25 3
233126142321 1539 1
I1 (n = 2) 44 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 32433 23 223326153323 236 2
G4 (n = 6) 50 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■□□□□■■■■■■■ 32333 18  224325153321 161 1
225313153322 184 1
225313153323 42 3
225323153323 43 1
H (n = 3) 53 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 32334 19 227325163423 802 1
228225163423 806 1
228325163423 415 1
C1 (n = 3) 53 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 22433 10 222325153324 146 1
223225153322 296 1
223425143322 160 1
B2 (n = 7) 93 ■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 21433 3 224226143321 738 2
224226153321 25 5