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Table 2 Worldwide geographical distribution of major SITs found in Guadeloupe according to the SITVIT2 database (interrogation made on April 25 th , 2013)

From: Use of genotyping based clustering to quantify recent tuberculosis transmission in Guadeloupe during a seven years period: analysis of risk factors and access to health care

SIT Spoligotype description Lineage Total no. of strains (SITVIT2) Geographical distribution a
GLP MTQ GUF Caribbean South and Central America Other countries
2 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■□□□□□□■□□□□■■■■■■■ H2 393 18 5 24 21(CUB), 37(HTI) 35(ARG), 21(BRA), 2(COL), 3(HND), 2(PAN), 1(PRY) 224
3 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■□■□□□□■■■■■■■ H3 105 4 0 0 3(CUB), 1(HTI) 2(ARG), 7(BRA), 3(COL), 1(SUR), 1(VEN) 83
5 □□□□□□□□□■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ T1 30 3 2 4 7(HTI) 0 14
7 □■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ T1 77 4 0 4 1(BHS), 2(HTI) 1(PER), 2(PRY) 63
14 ■□■□□□□□□□□□■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ X3 42 27 6 2 0 1(VEN) 6
17 ■■□■■■■■■■■■□■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ LAM2 656 22 4 12 1(CUB), 9(DOM), 22(HTI), 1(TTO) 2(ARG), 184(BRA), 13(COL), 1(PAN), 1(PER), 1(PRY), 179(VEN) 204
20 ■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ LAM1 811 8 1 20 5(CUB), 26(HTI), 3(JAM) 2(ARG), 147(BRA), 14(COL), 5(PER), 1(PRY), 42(VEN) 537
42 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ LAM9 3282 24 8 31 Ubiquitous Ubiquitous Ubiquitous
44 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ T5 210 4 0 6 0 3(ARG), 3(BRA), 1(SUR), 4(VEN) 189
45 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■□□□□□□■□□□□■■■■■■■ H1 106 8 14 0 1(HTI), 3(LCA) 9(BRA), 8(COL), 1(PAN) 62
50 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■□□□□■■■■■■■ H3 3330 23 16 88 Ubiquitous Ubiquitous Ubiquitous
51 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□□□□ T1 279 12 0 13 17(HTI), 3(JAM) 4(ARG), 40(BRA), 1(PER), 10(VEN) 179
53 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ T1 6104 39 25 84 Ubiquitous Ubiquitous Ubiquitous
70 ■■■□□□□□□□□□■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■□■■■■ X3 116 3 0 6 8(BHS), 8(HTI), 1(TTO) 0 90
93 ■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ LAM5 359 19 0 9 7(DOM), 15(HTI), 1(TTO) 2(ARG), 43(BRA), 2(COL), 17(PER), 6(PRY), 94(VEN) 144
103 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■□□□□□□■□□□□■■■□■■■ H1 3 3 0 0 0 0 0
122 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■□□□□■■■■■■■ T1 27 2 0 0 0 1(COL), 1(PAN) 24
1087 □□■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□■■■■■■■□□□□■■■■■■■ T1 4 2 0 0 1(HTI) 0 1
  1. a Distribution in the 3 French Departments of Americas, the Caribbean islands, South and Central America, and elsewhere in the world according to the SITIVT2 database. The 3-letters code for Argentina (ARG), Brazil (BRA), Bahamas (BHS), Columbia (COL), Cuba (CUB), Dominican Republic (DOM), French Guiana (GUF), Guadeloupe (GLP), Haiti (HTI), Honduras (HND), Jamaica (JAM), Martinique (MTQ), Panama (PAN), Paraguay (PRY), Peru (PER), Saint Lucia (LCA), Suriname (SUR), Trinidad and Tobago (TTO), and Venezuela (VEN) are according to http://fr.wikipedia.org/wiki/ISO_3166-1.