Skip to main content

Table 2 Worldwide geographical distribution of major SITs found in Guadeloupe according to the SITVIT2 database (interrogation made on April 25 th , 2013)

From: Use of genotyping based clustering to quantify recent tuberculosis transmission in Guadeloupe during a seven years period: analysis of risk factors and access to health care

SIT

Spoligotype description

Lineage

Total no. of strains (SITVIT2)

Geographical distribution a

GLP

MTQ

GUF

Caribbean

South and Central America

Other countries

2

â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

H2

393

18

5

24

21(CUB), 37(HTI)

35(ARG), 21(BRA), 2(COL), 3(HND), 2(PAN), 1(PRY)

224

3

â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â–¡â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

H3

105

4

0

0

3(CUB), 1(HTI)

2(ARG), 7(BRA), 3(COL), 1(SUR), 1(VEN)

83

5

â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

T1

30

3

2

4

7(HTI)

0

14

7

â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

T1

77

4

0

4

1(BHS), 2(HTI)

1(PER), 2(PRY)

63

14

â– â–¡â– â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

X3

42

27

6

2

0

1(VEN)

6

17

â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

LAM2

656

22

4

12

1(CUB), 9(DOM), 22(HTI), 1(TTO)

2(ARG), 184(BRA), 13(COL), 1(PAN), 1(PER), 1(PRY), 179(VEN)

204

20

â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

LAM1

811

8

1

20

5(CUB), 26(HTI), 3(JAM)

2(ARG), 147(BRA), 14(COL), 5(PER), 1(PRY), 42(VEN)

537

42

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

LAM9

3282

24

8

31

Ubiquitous

Ubiquitous

Ubiquitous

44

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

T5

210

4

0

6

0

3(ARG), 3(BRA), 1(SUR), 4(VEN)

189

45

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â– â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

H1

106

8

14

0

1(HTI), 3(LCA)

9(BRA), 8(COL), 1(PAN)

62

50

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

H3

3330

23

16

88

Ubiquitous

Ubiquitous

Ubiquitous

51

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡

T1

279

12

0

13

17(HTI), 3(JAM)

4(ARG), 40(BRA), 1(PER), 10(VEN)

179

53

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

T1

6104

39

25

84

Ubiquitous

Ubiquitous

Ubiquitous

70

â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â–¡â– â– â– â– 

X3

116

3

0

6

8(BHS), 8(HTI), 1(TTO)

0

90

93

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

LAM5

359

19

0

9

7(DOM), 15(HTI), 1(TTO)

2(ARG), 43(BRA), 2(COL), 17(PER), 6(PRY), 94(VEN)

144

103

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â–¡â– â– â– 

H1

3

3

0

0

0

0

0

122

â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

T1

27

2

0

0

0

1(COL), 1(PAN)

24

1087

â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– â–¡â–¡â–¡â–¡â– â– â– â– â– â– â– 

T1

4

2

0

0

1(HTI)

0

1

  1. a Distribution in the 3 French Departments of Americas, the Caribbean islands, South and Central America, and elsewhere in the world according to the SITIVT2 database. The 3-letters code for Argentina (ARG), Brazil (BRA), Bahamas (BHS), Columbia (COL), Cuba (CUB), Dominican Republic (DOM), French Guiana (GUF), Guadeloupe (GLP), Haiti (HTI), Honduras (HND), Jamaica (JAM), Martinique (MTQ), Panama (PAN), Paraguay (PRY), Peru (PER), Saint Lucia (LCA), Suriname (SUR), Trinidad and Tobago (TTO), and Venezuela (VEN) are according to http://fr.wikipedia.org/wiki/ISO_3166-1.