Genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis isolates from Beijing, China assessed by Spoligotyping, LSPs and VNTR profiles

Lu, Bing; Zhao, Ping; Liu, Binbin; Dong, Haiyan; Yu, Qin; Zhao, Xiuqin; Wan, Kanglin

doi:10.1186/1471-2334-12-372

Table 1 Spoligotype shared types for the 260 M. tuberculosis strains evaluated in this study.

From: Genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis isolates from Beijing, China assessed by Spoligotyping, LSPs and VNTR profiles

SIT n^a	Spoligotype description binary	SpolDB4 ID^b	No.^c	Prevalence (%)^d
1	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■	Beijing	197	77.3%
53	■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■	T1	18	6.92%
190	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■□ ■ ■ ■	Beijing	5	1.92%
52	■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■□ ■ ■ ■	T2	5	1.92%
	■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■	New	4	0.3%
154	■ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■	T1	3	1.15%
1364	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■□□ ■ ■ ■ ■	Beijing	2	0.77%
269	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■	Beijing-like	2	0.77%
917	■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■	T1	2	0.77%
1688	■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■	T1	2	0.6%
73	■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■□ ■ ■ ■	T2-T3	2	0.77%
632	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ ■ ■	Beijing	1	0.38%
	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■□□□ ■ ■ ■	New(Beijing?)	1	0.38%
255	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ ■	Beijing	1	0.38%
	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■□□□□□□□	New(Beijing?)	1	0.38%
1311	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■□□□□	U	1	0.38%
	■□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■	New	1	0.38%
	■□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ ■ ■□□□□□□ ■ ■ ■□ ■ ■ ■	New	1	0.38%
1163	■ ■□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■	T3	1	0.38%
	■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■	New	1	0.38% 5
	■ ■ ■ ■ ■□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□□□ ■ ■ ■□ ■ ■ ■	New	1	0.38%
	■ ■ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ ■ ■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■	New	1	0.38%
500	■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■	T1	1	0.38%
	■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■	Nwe	1	0.38%
	■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□	U	1	0.38%
1580	■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■	T1	1	0.38%
	■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■□ ■ ■ ■	New	1	0.38%
	■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□ ■□□ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■	New	1	0.38%
54	■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■	MANU2	1	0.38%

a SIT from SpolDB4.0.
b Representing spoligotype families as assigned in SpolDB4.0.
c Number of isolates with a common SIT.
d Prevalence represents the number of isolates with a common SIT relative to the total number of isolates in this study.

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ISSN: 1471-2334

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